Miasto Nowy Sącz zostało założone przez króla czeskiego Wacława II w roku 1292 na terenie wsi Kamienica, w granicach której znajdowały się dwa kościoły: parafialny pod wezwaniem św. Wojciecha i filialny pod wezwaniem św. Małgorzaty. Po wydaniu dokumentu lokacyjnego i przyznaniu praw miejskich nowo założonemu miastu, kościół parafialny, w przeciwieństwie do kościoła filialnego, znalazł się poza granicami miasta. Ten fakt w znacznym stopniu przyczynił się do tego, że, początkowo pozostający w cieniu kościół św. Małgorzaty z biegiem czasu coraz bardziej zyskiwał na znaczeniu.

Stefan Świszczowski na podstawie zachowanych pozostałości architektonicznych postawił tezę, że kościół był zbudowany z kamienia w końcu XII lub w pierwszej połowie XIII wieku i posiadał wieże z bliźniaczymi oknami. Odmiennego zdania jest ks. Jan Sygański, który w swoich pracach o Nowym Sączu utrzymywał, że kościół św. Małgorzaty był drewniany i dopiero kard. Zbigniew Oleśnicki w roku 1446 wybudował w jego miejscu murowany kościół gotycki i wyniósł go do godności kolegiaty .

Jednak i to twierdzenie jest kwestionowane przez wielu uczonych, którzy opierając się na badaniach architektonicznych wykazują, że zarówno pierwszy, romański kościół św.Małgorzaty, jak również jego gotycka przebudowa były budowlami murowanymi; nie dokonał jej zatem kard. Oleśnicki w roku 1446, ale była zasługą mieszczan sądeckich i miała miejsce na przełomie XIV i XV wieku. Jak to wykazały badania, materiał z rozebranej świątyni romańskiej został później wykorzystany do budowy nowej, gotyckiej, a jednym z dowodów na to, jest fakt odnalezienia w roku 1925, podczas badań prowadzonych przez prof. dra Tadeusza Dobrowolskiego, kapitela romańskiej kolumny, który znajdował się obok kościoła św. Małgorzaty.
Kolejnym dowodem na istnienie przed 1446 rokiem romańskiego kościoła murowanego jest pieczęć na dokumentach z 1323 i 1343 r., gdzie w środku znajduje się postać patronki miasta, św. Małgorzaty, na tle romańskiej świątyni. Warto w tym miejscu - jako kolejny argument za kościołem murowanym przed fundacją kard. Oleśnickiego - wspomnieć o fundacji ołtarza w kaplicy Wszystkich Świętych (obecna lewa nawa), w której znajdował się ołtarz ofiarowany przez rycerzy wracających z bitwy pod Grunwaldem w 1410 roku, pochodzącym rzekomo z Prus, co świadczy o powstaniu kaplicy w początku XV-go wieku oraz fundacja kaplicy Świętej Trójcy (14.06.1418 r.). Tak więc należy wnioskować, że budowę świątyni gotyckiej rozpoczęto wkrótce po lokacji miasta.
Świątynię gotycką wzniesiono głównie z kamienia miejscowego. Składała się ona z prostokątnego korpusu, podzielonego na dwie nawy przy pomocy trzech ciosowych okrągłych filarów stojących na środku kościoła, podtrzymujących sklepienie oraz z prezbiterium. A zatem początkowo był to kościół dwunawowy i to jeden z największych dwunawowych w Polsce. Świątynia pierwotnie nie posiadała wież, a jej budowa trwała dłuższy czas, ze względu na ubogie środki finansowe miasta i na inne inwestycje prowadzone w tym czasie przez miasto. W każdym razie w końcu XIV w. kościół musiał już być ukończony, o czym świadczą wzmiankowane na lata 1410-1418 fundacje dziś już nieistniejących kaplic Nawiedzenia NMP i Świętej Trójcy oraz zachowanej jako nawa północna kaplicy Wszystkich Świętych i znajdującej się pod wieżą północną kaplicy św. Anny .

Erekcja kolegiaty musiała spowodować bezpośrednio rozbudowę kościoła przez dostawianie kaplic a może i budowę wieży. Niewątpliwie po roku 1448 wykonano kapitularz nad zakrystią, z którego zachowała się tylko reszta ściany wschodniej z fragmentem okna oraz częściowo posadzka z ceramicznych, kwadratowych, niepowlekanych płytek. W 1472 r. powstała kruchta południowa z kaplicą na piętrze, poświęcona św. Andrzejowi, zachowana do dziś z wyjątkiem portalu. W roku 1486 kolegiata w czasie wielkiego pożaru spłonęła i dłuższy czas pozostawała bez dachu. Archiwa nie podają czasu powstania wieży północnej, ale z początkiem XVI w. rozpoczęto budowę drugiej wieży - dzwonnicy, o czym świadczy data na fryzie: 1507 r. Niewątpliwie zbudowana ona została na wzór istniejącej już od kilkudziesięciu lat wieży północnej. Jak można się dowiedzieć z opisu ks. Januszowskiego z roku około1580 dzwonnica została zburzona, co może świadczyć o wadach konstrukcyjnych. Odbudowano ją na nowo, sądząc według daty na portaliku w 1631 roku, i zawieszono wtedy na niej cztery duże dzwony. Warto zauważyć, że najokazalszy z nich, po krakowskim Zygmuncie, był największym w Polsce.

W roku 1671 kapituła stwierdziła, że kościół jest "ruinam minetur". W 1718 r. zagrażało mu już naprawdę wielkie niebezpieczeństwo wskutek zniszczenia dachu i górnej części naw koło dzwonnicy. Roboty prowadzone w rok później zażegnały tylko chwilowo obawy zawalenia się kościoła, bo w latach 1748-1749 zniszczenie postępowało dalej. W tym czasie zburzono sklepienie nad nawą główną i zaciągnięto nad nią drewniane nowe belki. Rozpoczęte poważne starania o fundusze na remont kolegiaty spowodowały, że w roku 1752 został on częściowo ukończony. Jednak był mało solidny, bo kapituła 14.07.1776 r. stwierdza powstałą "magna ruina ecclesiae in muribus"; wymagany jest zatem pilny remont. Do końca istnienia kolegiaty zachowała się jej gotycka bryła ze sklepieniem nad prezbiterium i kaplicami bocznymi, a także wieże z hełmami.
Kolegiata straciła swój średniowieczny charakter w latach 1807-1822, kiedy to dokonano obniżenia nawy głównej i prezbiterium kościoła, zastępując gotyckie sklepienie prostym sufitem oraz zburzono wszystkie sklepienia z wyjątkiem kaplic przy wyjściu. Wszystko to odbyło się staraniem rządu austriackiego odpowiedzialnego za publiczne bezpieczeństwo. Przekształceniu uległ też front kościoła; w ten sposób stracił on niemal zupełnie charakter zabytkowy, a stał się bezstylową budowlą z epoki józefińskiej o wadliwych przy tym proporcjach.

Sądecka fara potrzebowała kolejnych inwestycji albowiem w 1862 r. usunięto sufit zbudowany w 1810 r. i wybudowano nowy w prezbiterium. Biskup Pukalski apelował do władz państwowych, jako patrona kościoła i parafii, by podjął się jego remontu. To samo stwierdził wizytator w roku 1867. Po zebraniu środków finansowych przez Komitet Kościelny przystąpiono do prac remontowych w 1879 roku. Pokryto wtedy blachą obydwie wieże kościelne wraz z sygnaturką i wstawiono do prezbiterium nowe stalle dębowe i nowe ławki. Po 1885 r. położono nową posadzkę z płyt kamiennych i odnowiono wielki ołtarz . W 1891 roku cały kościół pokryto blachą, głównie kosztem ks. Góralika. W latach 1893-1894 wstawiono nowy ołtarz Przemienienia Pańskiego. W roku 1895 wstawiono do kościoła posadzkę z płyt cementowych, a obejście wokół kościoła uporządkowano w latach 1898-1900 .

Kolejnej, gruntownej restauracji i przebudowy kolegiaty podjął się ponownie w 1919 roku ks. Alojzy Góralik. Przeprowadził ją jednak dopiero ks. Roman Mazur. W latach 1928-1930 odrestaurowano częściowo kościół na zewnątrz, przebudowano nawy boczne i dano częściowo nowe sklepienia. Pracami kierował architekt Józef Wojdyga. Wtedy to zbudowano sklepienie nad kaplicą północną, odrestaurowano kaplice południowe i wiele części zepsutych i przegniłych usunięto i zastąpiono je nowymi. W 1930 r. odmalowano nawę główną i odrestaurowano ołtarz główny. Akcentem końcowym tych prac było zakupienie nowych organów w 1943 roku.

Z inicjatywy ks. Władysława Lesiaka, kolejnego proboszcza fary nowosądeckiej, dokonano następnej przebudowy kościoła ze zróżnicowaniem wież według projektu architekta Stefana Świeszczowskiego. Dokonano także rekonstrukcji gotyckiego portalu i zbudowano nowy chór muzyczny. Lata 1969-1971 to czas zasadniczej przebudowy kościoła, jego stropów i ścian w celu przywrócenia mu charakteru gotyckiego. Po roku 1970 świątynia otrzymała nowe wspaniałe organy.
Dziełem proboszcza, ks. Stanisława Lisowskiego, są kolorowe witraże i nowe wewnętrzne urządzenie świątyni wraz z kaplicą wieczystej adoracji Najświętszego Sakramentu oraz uporządkowanie placu wokół Bazyliki i wybudowanie parafialnego parkingu.

Źródło