Budowla została wzniesiona w połowie XV w. (prezbiterium i mury obwodowe), szczyt zachodni jest datowany na pierwszą połowę XVI w. Z tego okresu pochodzą też sklepienia.
W tym okresie parafia kleczewska była jedną z większych na terenie diecezji gnieźnieńskiej. Już w XIV w. przy parafii działała szkoła elementarna, która poziomem nauczania wyróżniała się na tle innych podobnych szkół parafialnych.
Od drugiej połowy XVII w. właścicielami Kleczewa była rodzina Gurowskich. Specjalnie dla nich wybudowano lożę kolatorską, po której ślady zachowały się na przyporze kościoła po jego północnej stronie. Dla wygody fundatorów w jej wnętrzu umieszczono piec. Loża zachował się do XIX w, a potem została rozebrana.
Przy kościele działały: Bractwo św. Anny i Bractwo Różańcowe. Ich członkowie (mieszczanie i szlachta) oprócz praktyk religijnych nieśli również pomoc materialną ubogim parafianom.
Z dzisiejszego wyposażenia w kościele zwraca uwagę ołtarz główny oraz po bokach ambona i bogato zdobiona chrzcielnica. Ołtarz główny przypisuje się Augustynowi Schoepsowi.
W 1787 r. Melchior Gurowski przywiózł z Rzymu relikwie św. Feliksa, które w stanie nienaruszonym zachowały się do dzisiaj. W czasie ostatniego remontu kościoła relikwie zostały komisyjnie otwarte i potwierdzono obecność szczątków ludzkich. Obecnie znajdują się one w oszklonej trumnie pod ołtarzem.

Za: