Budowę kościoła rozpoczęto 14 sierpnia 1877 roku. Poświęcenie kamienia węgielnego miało miejsce 25 września roku 1877. Fundatorami byli m. in. hrabia Edmund Krasicki z Leska, hrabina Teresa Waisenwolf i ksiądz Daniel Sulikowski - proboszcz ze Słociny. Po dokończeniu wszystkich robót, dnia 28 września 1879 roku dokonano uroczystego poświęcenia kościoła Niepokalanego Poczęcia NMP.

Baligród był wielokrotnie areną walk zbrojnych. Podczas I wojny światowej zginął proboszcz parafii ks. Jan Paszek. 6 sierpnia ukraińska policja wyprowadziła wszystkich mężczyzn obecnych w kościele na mszy i dokonała masowej egzekucji. Zginęło wówczas 41 osób. W roku 1957 w kościele mszę odprawił Karol Wojtyła, podróżujący w tym okresie po Bieszczadach.

Obecnie kościół jest odnawiany i ma służyć parafianom jako dom pogrzebowy.