W pierwszych latach XX w. na terenie Łodzi liczba zwolenników mariawityzmu zwłaszcza wśród najuboższych jej mieszkańców stale rosła. Po ekskomunice nałożonej przez papieża Piusa X w 1904 r. na Zgromadzenie Kapłanów Mariawitów działające dotąd w ramach kościoła katolickiego ksiądz Edward Marks, wikary parafii Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny, przystąpił do organizowania wspólnoty mariawickiej. W 1906 r. zakupił parcelę na ul. Franciszkańskiej 27 i rozpoczął budowę kościoła. W związku z tym, że mariawici nie byli jeszcze wtedy legalną wspólnotą wyznaniową, prace podjęto na podstawie pozwolenia na budowę magazynu. Budynek, który zaprojektował Franciszek Chełmiński, wzniesiono w tym samym roku, ale jeszcze bez wieży. Po zarejestrowaniu Kościoła Starokatolickiego Mariawitów w 1910 r. świątynia pod wezwaniem św. Franciszka z Asyżu stała się kościołem katedralnym nowo utworzonej diecezji. Wtedy też kościół został przebudowany i otrzymał wieżę. W czasie II wojny światowej kościół znalazł się na terenie Litzmannstadt Ghetto i został zamieniony w magazyn. W 1945 r. świątynia powróciła do mariawitów i po niezbędnym remoncie służy im do dnia dzisiejszego.