Dokładna data erygowania parafii nie jest znana. Najstarszy pisemny zapis mówiący o Brwinowie pojawia się w dokumencie biskupa poznańskiego Wojciecha z 1406 r., a w kolejnych dokumentach pojawia się imię pierwszego znanego proboszcza tutejszej parafii - Desław. 

Cennych informacji o historii parafii dostarczają zapisy dotyczące wizytacji biskupich. Gdy w 1603 r. odwiedził Brwinów biskup Wawrzyniec Goślicki, ówczesny drewniany kościół był „w złym bardzo stanie i pod tytułem św. Floryana męczennika poświęcony”. Modrzewiowy kościół wzniesiony w XVIII w. miał dwuwieżową bryłę utrzymaną w stylu barokowym. W połowie XIX w. świątynia została przebudowana i umieszczono w niej organy. Prawdopodobnym fundatorem przebudowy był Eustachy Marylski, właściciel dóbr w Książenicach. W 1862 r. arcybiskup warszawski św. Zygmunt Szczęsny Feliński udzielił w Brwinowie sakramentu bierzmowania.

W latach 1927-1937 wzniesiono obecną świątynię wg projektu Mieczysława Wołkowińskiego. Inicjatorem budowy był proboszcz ks. Franciszek Kawiecki.