Kościół w Bobolinie powstał w końcu XV wieku jako filia kościoła w Stobnie. Była to budowla o długości 15 m i 7 m szerokości, murowana z kamienia narzutowego. Od wschodu bryłę zamknięto pięciobocznym prezbiterium, a od zachodniej strony znajdowała się murowana wieża. W XVI wieku otynkowano wnętrze kościoła. W 1895 roku elewacje otynkowano oraz poszerzono otwory okienne, a także wymurowano niszę na rzeźbę w ścianie kościoła. Prawdopodobnie podczas tego remontu rozebrano wieżę, z powodu pęknięcia powstałego w jej ścianie. W XIX wieku parafia posiadała w Bobolinie 60 mórg i 124 pręty gruntów rolnych i uzyskiwała z tego 200 talarów dochodu.
Dawne wyposażenie kościoła stanowiły:
dwa smukłe świeczniki ołtarzowe z 1694 roku, odlane z brązu, o wysokości 41 cm,
żyrandol odlany z brązu z 1700 roku
oraz misa chrzcielna z mosiądzu, gładka bez dekoracji z 1737 roku.
Oprócz nich znajdował się tam srebrny, pozłacany kielich z XVI wieku o wys. 18 cm utrzymany w prostej późnogotyckiej formie, z tekstem pisanym gotycką minuskułą na trzonie i głowicy: „thesus-thesus-maria+”, oraz srebrne cyborium z 1690 roku na pokrywie którego w środkowej części znajdowały się między ornamentami dwie figury aniołów.
Kościół nie został zniszczony w trakcie działań wojennych. W latach 1949-1950 przeprowadzono remont stropu. Następnie kościół popadł w ruinę, tak że ostały się jedynie ściany obwodowe budowli do wysokości okien. Odbudowano go według projektu Stefana Kwileckiego, pod nadzorem ks. prob. Edwarda Ryby w latach 1985-1986. Fragmenty ścian odtworzono z cegły i kamienia narzutowego, wnętrze przekryto drewnianym stropem, na dachu zamontowano sygnaturkę. Dobudowano zakrystię od strony północnej. 5 listopada 1986 roku ks. bp Jan Gałecki poświęcił kościół pw. Matki Boskiej Nieustającej Pomocy