W nocy z 14 na 15 sierpnia 1900 r. wybuchł drugi, tragiczny w skutakach pożar bazyliki. Wtedy to (jak corocznie) na uroczystość Wniebowzięcia przybyli liczni pielgrzymi. Urządzono fajerwerki, które spowodowały pożar. Zaczęła płonąć wieża, która jak wspominają kroniki: "...płonęła jak pochodnia". Wówczas na Jasnej Górze było tylko jedno wejście - brama forteczna od południa, wejścia od strony zachodniej, które dziś znamy, nie było. Zebrani w kościele pielgrzymi modlili się leżąc krzyżem, żeby kościół nie zajął się ogniem i nie spłonął wraz z wieżą. Temperatura była tak wysoka, że stopiły się dzwony wewnątrz wieży i został zniszczony zegar. Niemal natychmiast po pożarze przystąpiono do odbudowy wieży. Budową kierował znany architekt Stefan Szyller, który wprowadził wiele ulepszeń, przede wszystkim podwyższył wieżę do wysokości 106 m. (Taki był zresztą niepisany zwyczaj, że przy każdym remoncie nie tylko przebudowywano, ale również podwyższano wieżę). Szyller zastosował inne, lepsze materiały. W miejsce nagminnie psujących się tynków, do obłożenia wieży użył piaskowca szydłowieckiego. Odbudowa wieży trwała 6 lat. Uroczyste poświęcenie miało miejsce 15-08-1906.

Jednak najbardziej tragiczny w skutkach pożar Jasnej Góry  miał miejsce w 1690 r.

Ostatni pożar na Jasnej Górze to początek lat 90. XXw., w części klasztoru, gdzie znajduje się jasnogórska biblioteka.