Murowany kościół rozpoczęto budować na stoku Łysej Góry pod kierunkiem Jana Linka, budowniczego fortyfikacji Zamościa. Prace rozpoczęto w 1686 r., a konsekrację kościoła urządzono w 1695 r. Była to masywna, barokowa budowla z dwiema wieżami, górująca nad okolicą. W głównym ołtarzu znajdował się obraz św. Antoniego, który wnet zaczęto nazywać cudownym. W 1707 r. zakończono budowę klasztoru.

Lata 1815 – 1869 to okres największego ruchu pielgrzymkowego. Wtedy to powstało określenie Radecznicy jako „Częstochowy Lubelskiej”. Na odpusty schodziły się kilkudziesięciotysięczne tłumy. Dla wiernych obrządku greckokatolickiego odprawiano nabożeństwa wg ich rytu.

Po powstaniu styczniowym władze zaboru rosyjskiego skasowały klasztor w 1869 r. i przeznaczyły go dla grekokatolików. Rozgrabiono mienie kościoła. W klasztorze urządzono więzienie dla opornych księży unickich. W 1875 r. carat zniósł unię brzeską w Imperium Rosyjskim. W klasztorze urządzono wówczas parafię prawosławną, która jednak nie miała wiernych. Opustoszałe budynki niszczały, rozebrano część klasztoru. W 1882 r. sprowadzono tu prawosławnych mnichów, a w 1899 r. mniszki, tworząc monaster św. Antoniego w Radecznicy. Przebudowano wtedy kościół na cerkiew i zbudowano dwa nowe budynki na ochronkę i seminarium nauczycielskie, założono pracownię malarską, w której pisano ikony. W świątyni umieszczono ikonę św. Antoniego Pieczerskiego, ale odpusty obchodzono w dniu odpustu katolickiego.

Tę ożywioną działalność prawosławnych przerwała I wojna światowa, w 1915 mniszki udały się na bieżeństwo. W 1916 r. dokonano rekoncyliacji kościoła, a w 1919 r. przekazano go na powrót bernardynom. Podjęto się gruntownego remontu kościoła i klasztoru, a w budynku pozostałym po seminarium nauczycielskim urządzono Kolegium Serafickie. (1922 r.) Spełniło ono bardzo użyteczną rolę, wykształciwszy ok. 700 chłopców, z których ponad stu wstąpiło do Zakonu. Na krótko przed II wojną postała tu również drukarnia. Odnowiono kaplicę św. Antoniego „na wodzie” i zbudowano nowe „gradusy” – schody prowadzące do kościoła.

W 1950 r. zostali aresztowani przez UB wszyscy zakonnicy, jako że w klasztorze był punkt kontaktowy Zamojskiego Inspektoratu WiN. Gimnazjum rozwiązano, a budynki zostały przekazane pod nowo otwarty szpital psychiatryczny. Bracia dopiero w 1960 r. odzyskali część budynku klasztornego. Ten stan trwa aż do chwili obecnej. Za wiki