Jest to stacja o dość niezwykłej historii. Jeszcze w XIX wieku, ta położona na peryferiach miasta stacja uzyskała status tranzytowej. Zatrzymywały się tu i zmieniały kierunek jazdy najpierw austriackie, a później czechosłowackie pociągi na trasie Šumperk - Jesenik - Krnov - Ostrava. Stacja nie pełniła roli granicznej jedynie w krótkim okresie od zajęcia Czechosłowacji przez III Rzeszę, do 1945 roku. Od tego czasu, przez kolejnych kilkadziesiąt lat trwał przedziwny stan, kiedy to na stacji w Głuchołazach zatrzymywały się czeskie pociągi, zmieniały kierunek jazdy, ale pasażerowie nie mieli możliwości ani wejścia, ani opuszczenia wagonów. Stało się to możliwe dopiero od grudnia 2006 roku.
Obecnie czeskie składy są jedynymi regularnie jeżdżącymi przez Głuchołazy pociągami pasażerskimi.