Kościół ten wybudowano w drugiej połowie XVI w. Jest wymieniany w dokumentach w 1598r. jako drewniany. Wybudowali go katolicy będzińscy, gdy arianie siłą zabrali im kościół parafialny p.w. Św. Trójcy. Około 1560 roku arianie z Ogrodzieńca, wspieranie przez kasztelana Jana Firleja (właściciela Ogrodzieńca), przy pomocy miejscowych wyznawców napadli na będziński kościół. Katolicy stanęli w obronie swojej świątynie ale ulegli przemocy. Zginął wówczas pleban, broniący wejścia do kościoła. Zdobyty kościół arianie zamienili w swój zbór a będzińscy katolicy zmuszeni byli chodzić na nabożeństwa do Czeladzi lub Grodźca.Nowy kościół otrzymał wezwanie św. Tomasza Becketa z Canterbury, który zginął zabity przez rycerzy króla Henryka II w katedrze w Canterbury w 1170. Katolicy w ten sposób chcieli uczcić pamięć zamordowanego proboszcza, który również zginął w świątyni. W XVIII w. wzniesiono na jego miejsce kościół murowany. Jako, że istniał już wówczas przy nim cmentarz grzebalny, kościół stał się kościołem cmentarnym.W roku 1834 został odnowiony a po II wojnie światowej jeszcze dwukrotnie go remontowano. W 1995 r. doszło do profanacji kościoła. Młodociani włamali się do niego w nocy i podłożyli ogień. Zniszczona została wówczas część wyposażenia. Ołtarz z obrazem św. Tomasza ocalał.