Krakowskie Muzeum Farmacji powstało w 1946 roku. Jego organizatorem i pierwszym dyrektorem był dr Stanisław Proń, ówczesny radca prawny i dyrektor administracyjny Okręgowej Izby Aptekarskiej w Krakowie. Do końca lat 80-tych Muzeum mieściło się w kamienicy przy ul. Basztowej 3, gdzie warunki ekspozycyjne (kilka niezbyt jasnych pokojów) nie były optymalne. Warunki te poprawiły się radykalnie, kiedy zbiory Muzeum zostały przeniesione do wyremontowanej kamienicy przy ul. Floriańskiej 25.