Budynek pochodzi z 1875 r. Zaprojektował go Teofil Żebrowski (budynek pierwotnie był jednopiętrowy, rozbudowano go na początku XX w.). W 1880 r. powstało Towarzystwo Bursy im. Stefana Batorego, udzielające pomocy niezamożnej młodzieży. Dwa lata później gimnazjum realne przekształcono w humanistyczne, a szkoła stała się ważnym miejscem dla Wadowic. Uczniowie na początku XX w. wydawali czasopismo "Nasz Łan", a w latach 20. "Lutnię Szkolną". W latach 1930-38 uczniem gimnazjum był Karol Wojtyła. Było to gimnazjum męskie, ośmioklasowe, klasyczne, z programem nauczania m.in. języków obcych.
Szkoła nosiła nazwy: Niższe Gimnazjum (1866-1870), Realne i Wyższe Gimnazjum (1870-1882), Gimnazjum (1882-1918), Państwowe Gimnazjum (1918-1938, a od 1925 nosiła imię Marcina Wadowity), Państwowe Liceum i Gimnazjum im. Wadowity (1938-1948), Państwowa Szkoła Ogólnokształcąca st. Licealnego im. Wadowity (1948-1952), Liceum Ogólnokształcące (1952-1966), Liceum Ogólnokształcące im. Emila Zegadłowicza (1966-1976), Zespół Szkół Ogólnokształcących im. Emila Zegadłowicza (1976-1981), Zespół Szkół Ogólnokształcących im. Wadowity (od 1981 r.).