Do II wojny światowej ponad 30 % mieszkańców Rudy Pabianickiej (ok. 2 tysiące) stanowili Niemcy będący w większości wyznania protestanckiego. W 1924 r. została ustanowiona parafia protestancka obejmująca również takie miejscowości jak Rzgów, Tuszyn, Chocianowice i Gadka Stara. W 1927 r. dzięki inicjatywie rodziny Gablerów na terenie będącym ich własnością rozpoczęto budowę kościoła zaprojektowanego przez warszawskiego architekta Teodora Bursche. Kościół imienia Gustawa Adolfa (zmarłego przedwcześnie syna Gablerów) otwarto w 1935 r., a jego budowa została zakończona w 1938 r. Po II wojnie światowej większość parafian wyjechała, a kościół przekazano parafii katolickiej św. Józefa i przekształcono w kościół filialny pod wezwaniem św. Stanisława Kostki. Kościół ten w 1946 r. przejęły siostry Bernardynki, które założyły tu klasztor. Po wybudowaniu domu klasztornego w połowie lat 70. mniszki przystąpiły do remontu i przebudowy kościoła. W 1987 r. kościół został przemianowany na kościół pod wezwaniem Matki Bożej Miłosierdzia.