Najstarszy zabytek w Szamotułach, jeden z najcenniejszych obiektów architektury gotyckiej w Wielkopolsce. Zbudowany w latach 1423–1431 (w miejscu dawnego kościoła), z fundacji Dobrogosta Wincentego Świdwów – Szamotulskich. Od 1423 r. przy kościele funkcjonowała prepozytura i Kolegium ośmiu kapłanów – mansjonarzy. W 1542 roku Biskup Sebastian Branicki powołał kapitułę kolegiacką, a kościołowi nadał godność kolegiaty. Kościół rozbudowany w XVI wieku (1513-1542 staraniami Łukasza Górki; zwężenie i podwyższenie prezbiterium, nowe filary, sklepienia, arkady międzynawowe, dobudowanie wieży), a następnie również w XVII i XIX wieku. W czasie reformacji kolegiatę należała od 1569 roku do luteran, a od 1573 roku do braci czeskich. Od 1594 roku kościół wrócił we władanie katolików. W 1666 roku w kościele umieszczono obraz Matki Bożej Pocieszenia. Po licznych katastrofach (powodziach i pożarach) w XVII i XVIII wieku, dokonano remontu kolegiaty (1772 – m.in. pokrycie nowym dachem), środki na ten cel pozyskano ze sprzedaży części wotów. W latach 1884–1890 wybudowano wschodnią bramę – dzwonnicę, otynkowano wnętrze i dobudowano kruchtę od strony południowej. W 1930 roku od strony wschodnie wybudowano dzwonnicę. Po śmierci proboszcza Walentego Kozłowskiego kapituła kolegiacka przestała istnieć, chociaż formalnie została to potwierdzone dopiero sto lat później w 1935 roku. 6 października 1941 roku wojska niemieckie rozpoczęły grabież kolegiaty. Skradziono między innymi dzwony z kurantami, obraz Wniebowzięcie Najświętszej Marii Panny z ołtarza głównego czy płytę nagrobną z XVI wieku. Kościół ponownie oddano wiernym po wyzwoleniu miasta, 27 stycznia 1945 roku. W roku 1952 odnowiono wnętrze kościoła. W 1970 roku Kardynał Stefan Wyszyński dokonał koronacji obrazu Matki Bożej Pocieszenia koronami papieskimi, a tytuł kościoła zmieniono na Kościół Pokolegiacki pod wezwaniem Matki Bożej Pocieszenia i św. Stanisława Biskupa Męczennika. W 2000 roku arcybiskup poznański przywrócił godność kolegiacką i powołał Kapitułę Kolegiacką Matki Bożej Pocieszenia i św. Stanisława Biskupa i Męczennika w Szamotułach. W 2008 roku Kardynał Metropolita krakowski Stanisław Dziwisz przekazał szamotulskiej kolegiacie relikwie św. Stanisława Biskupa. W 2014 roku kolegiata otrzymała godność bazyliki mniejsze.