Nowa synagoga w Międzyrzecu Podlaskim została zbudowana po tym, jak poprzednia spłonęła w pożarze w 1718 roku. Dokładny czas budowy nowej świątyni nie jest znany, choć źródła wskazują, że mogła się ona odbyć między 1761 a 1779 rokiem. Zezwolenie na jej budowę wydał biskup łucki w Wołczynie 20.11.1761 roku. Synagogę zbudowano na planie prostokąta o wymiarach 31,7 m x 26,3 m. Składała się ona z 4 członów: sali męskiej, członu zachodniego, babińca północnego oraz południowego. Sala męska, wybudowana na rzucie zbliżonym do kwadratu, usytuowana była w centrum obiektu. Wzdłuż ścian bocznych sali męskiej znajdowały się parterowe babińce na rzucie prostokąta (północny i południowy), które przykryte były dachem pulpitowym. Człon zachodni wybudowano na rzucie wydłużonego prostokąta, który przylegał do sali męskiej i dwóch babińców od strony zachodniej. Sala męska i człon zachodni były prostopadłościenne, o wysokości trzech kondygnacji. Dach nad salą męską był trzyspadowy i łączył się z czterospadowym dachem członu zachodniego. W sali męskiej w środkowym przęśle wschodniej ściany, pomiędzy dwoma pilastrami przyściennymi znajdował się aron ha-kodesz z oprawą. Dekoracja była murowana i ozdobiona elementami z zaprawy cementowej i gipsowej oraz pokryta polichromią. Bima usytuowana została pośrodku sali męskiej, między kolumnami, które podtrzymywały sklepienie. Podest otoczony był żelazną balustradą. W latach 1907–1908 w synagodze powstał nowy aron ha-kodesz. W 1912 r. przeprowadzono kosztowny remont budynku o szerokim zakresie. Wymieniono wówczas drzwi wejściowe i wykonano roboty malarskie. Wiadomo, że kolejny remont miał miejsce w 1934 r., lecz zakres prac jest nieznany.  W atach II wojny światowej, podczas selekcji i akcji deportacyjnych do obozu zagłady, w synagodze przez tydzień przetrzymywano grupę Żydów. W październiku 1942 r. budynek został uszkodzony przez policjantów ukraińskich, którzy obrzucili go granatami. Całość Niemcy wysadzili w powietrze w czerwcu 1943 roku.