Apteka Pod Orłem przy placu Bohaterów Getta 18 (dawniej Mały Rynek, później plac Zgody) stanowiła własność Józefa Pankiewicza, którą przejął następnie jego syn - Tadeusz (21 XI 1908–5 XI 1993) i  prowadził ją od 1933 r. Była czwartą apteką w Podgórzu i pierwszą powstałą poza ścisłym centrum miasta. 

Po utworzeniu przez Niemców getta dla krakowskich Żydów w Podgórzu, apteka Pankiewiczów znalazła się wewnątrz murów getta, w samym jego centrum. Dzięki staraniom Tadeusza Pankiewicza, władze niemieckie wyraziły zgodę na funkcjonowanie „aryjskiej” apteki w getcie. Na polecenie władz niemieckich apteka Pod Orłem, jako jedyna w getcie, czynna była całą dobę.

Zespół pracujący w aptece Tadeusza Pankiewicza, oprócz właściciela, składał się z trzech osób: Irena Droździkowska, mgr farmacji, pracowała w aptece w okresie od 10 września 1939 do 28 lutego 1951; Aurelia Czort z d. Danek, wówczas studentka farmacji Uniwersytetu Jagiellońskiego – w okresie od 1 maja 1941 do 1 września 1945; Helena Krywaniuk, także studentka farmacji UJ – w okresie od 5 grudnia 1941 do 31 października 1950. Obydwie ukończyły studia farmaceutyczne na Uniwersytecie Jagiellońskim po wojnie. Irena Droździkowska, Aurelia Czort i Helena Krywaniuk posiadały przepustki i wieczorem opuszczały getto, natomiast Tadeusz Pankiewicz mieszkał tam na stałe.

W okresie istnienia getta (1941–1943) apteka była miejscem szczególnym. W godzinach wieczornych, a później także nocnych, spotykali się w niej ludzie, którzy stanowili elitę zawodową, intelektualną i artystyczną getta.

W grudniu 1941, po formalnym zamknięciu poczty w getcie, apteka przejęła jej funkcję i stała się punktem nielegalnych kontaktów mieszkańców getta z „aryjską” stroną miasta. Pracownicy apteki byli łącznikami przenosząc korespondencję, cenne przedmioty i szmuglując do getta zakupioną żywność, leki i zamawiane artykuły.

W okresie nasilonych aresztowań apteka stała się azylem dla represjonowanych, którzy korzystając z całodobowego dyżuru, szukali w niej schronienia. Pełniła rolę ostatniego punktu kontaktowego dla wysiedlanych tuż przed wyprowadzeniem ich z placu Zgody. Służyła także jako miejsce ukrycia kilkunastu starych i cennych tor, które przetrwały wojnę oraz prywatnych dokumentów powierzonych Pankiewiczowi przez wysiedleńców.

Po likwidacji getta apteka Pod Orłem funkcjonowała bez większych zmian z wyjątkiem skróconych godzin otwarcia. 

W 1951, w wyniku zmian ustrojowych w Polsce, przeprowadzono nacjonalizację aptek. Apteka Pankiewiczów Pod Orłem została przemianowana na „Przedsiębiorstwo Państwowe. Apteka Społeczna nr 31”. Wbrew przyjętym regułom na stanowisku kierownika apteki pozostawiono byłego właściciela Tadeusza Pankiewicza. Kierownikiem pozostał do końca grudnia 1953. Po Tadeuszu Pankiewiczu kierownictwo apteki przejął mgr Jan Schnayder, który kierował apteką do 1978. Po nim funkcję kierownika przejął mgr Stanisław Wójcikiewicz. Ostatnim kierownikiem apteki była mgr Szarota Nowak.

W kwietniu 1967 roku apteka została przeniesiona do budynku przy pl. Bohaterów Getta 11. W dawnych pomieszczeniach apteki Pod Orłem został otwarty „Bar Nadwiślański”, który przetrwał do 1981.

W 1981 naczelnik Urzędu Dzielnicowego Kraków-Podgórze Marian Kulig nakazał likwidację baru i przeznaczył pomieszczenia na utworzenie muzeum. Dzięki staraniom grupy osób dobrze znających historię apteki, przyjaciół Pankiewicza, którzy utworzyli Towarzystwo Przyjaciół Dzielnicy Podgórze.

W 2002 Roman Polański przekazał uzyskaną nagrodę Fundacji Kultury Polskiej „Złote Berło” na rzecz muzeum. W 2003 Muzeum Apteka pod Orłem zostało oddziałem Muzeum Historycznego Miasta Krakowa. Dzięki funduszom przekazanym przez Romana Polańskiego i Stevena Spielberga, nastąpiły zmiany w wyposażeniu i ekspozycji muzealnej. W 2010 Muzeum Historyczne Miasta Krakowa włączyło Aptekę pod Orłem w nowo utworzoną strukturę – Trasę Pamięci. Stanowią ją trzy oddziały MHK: Fabryka Schindlera, Ulica Pomorska i Apteka pod Orłem, które wspólnie prezentują całość historii okupacyjnego Krakowa.

16 marca 2013 dla uczczenia 70 rocznicy likwidacji getta w Krakowie w pomieszczeniach dawnej apteki otwarto nową ekspozycję stałą „Apteka Tadeusza Pankiewicza w getcie krakowskim”.

_______________________________________________________