Państwowe Muzeum im. Przypkowskich mieści się w dwóch sąsiadujących zabytkowych budynkach: byłej aptece klasztornej z 1712 i domu farmaceutów z tego samego okresu, nabytym i przebudowanym w 1868 przez Przypkowskich. Na tym drugim znajduje się kopuła obserwatorium astronomicznego z 1913, a ścianę od strony podwórza pokrywa sgraffito z 1955

Genealogia rodziny Przypkowskich herbu Radwan sięga czasów średniowiecza. Kolebką rodziny było Mazowsze, lecz w połowie XIII wieku osiedlili się pod Krakowem założywszy wieś Przypkowice. W XVI wieku przedstawiciele rodziny aktywnie działali w ariańskiej wspólnocie wyznaniowej, a Jan Przypkowski, przejęty ideałami równości wszystkich ludzi, w roku 1573 uwolnił swych poddanych z pańszczyzny. Najwybitniejszym przedstawicielem rodziny w wieku XVII-tym był Samuel Przypkowski (1592-1670), arianin związany z dworem Radziwiłłów z Birży, poeta, filozof i polityk. W wieku XVIII-tym Józef Przypkowski (1707-1758), inny wybitny przedstawiciel rodziny, piastował godność profesora astronomii i matematyki na Uniwersytecie Krakowskim. W 1740 roku on właśnie zaprojektował zegar słoneczny na kościele Mariackim w Krakowie. Nieliczne pamiątki i fragmenty jego księgozbioru znajdują się do dziś w kolekcji Muzeum.

Twórcą trzonu kolekcji dzisiejszego Muzeum był Feliks Przypkowski (1872-1951). Miłośnik astronomii i gnomiki, ukończył studia medyczne i praktykował przez pięćdziesiąt lat jako lekarz w Jędrzejowie. Od roku 1895 konsekwentnie gromadził zegary słoneczne i literaturę dotyczącą ich budowy i historii. W Jędzejowie wzniósł istniejące do dzisiaj obserwatorium astronomiczne, prowadził również pomiary meteorologiczne. Interesował się numizmatyką, mineralogią, zbierał także pamiątki związane z miastem i regionem, pozostawił po sobie również ogromny zbiór fotografii. Jego pasje zbierackie i naukowe podzielał również syn, Tadeusz Przypkowski (1905-1977), historyk sztuki, bibliofil, miłośnik heraldyki. Znawca i budowniczy zegarów słonecznych stworzył ich liczne egzemplarze, z których najważniejsze to siedem zegarów słonecznych na obserwatorium w Greenwich. Dzięki jego staraniom kolekcja została po wojnie znacznie poszerzona i udostępniona dla publiczności, a w roku 1962 przekazana Państwu.

W dziale zegarów słonecznych Muzeum obejrzeć można wszystkie ich rodzaje konstruowane od XV wieku, oraz rozmaite przyrządy służące do pomiaru czasu - klepsydry, zegary ogniowe i mechaniczne, a także przyrządy astronomiczne. Do najcenniejszych obiektów z tego działu należą zegar słoneczny, dzieło Erazma Habermela orazzegar słoneczny z armatką, według tradycji własność Stanisława Leszczyńskiego. Wśród zegarów mechanicznych wymienić można maleńki zegarek-pektoralik z kryształu górskiego, siedemnastowieczny wyrób paryski sygnowany nazwiskiem "Mahlet", zegar wahadłowy sygnowany na mechanizmie "Gabier", w Paryżu wykonany dla Jana Kazimierza. Popularny w Polsce typ zegara stołowego, zwanego kaflowym ze względu na podobieństwo korpusu do kafla piecowego, bądź "żabą" z powodu szeroko rozstawionych nóżek, reprezentuje zegar wykonany w Zasławiu przez zegarmistrza Michała Piegszę około połowy XVIII w.