Powstanie klasztoru wiąże się z pobytem w Krakowie św. Jana Kapistrana, kaznodziei, który przybył w 1453 roku na zaproszenie króla Kazimierza Jagiellończyka i biskupa krakowskiego kardynała Zbigniewa Oleśnickiego. Jan Kapistran reprezentował zakon obserwantów reguły św. Franciszka z Asyżu. W Polsce zreformowaną gałąź zakonu braci mniejszych zwano bernardynami.

Kardynał Zbigniew Oleśnicki od swojego brata Jana wojewody sandomierskiego pozyskał posiadłość na Stradomiu i ofiarował zakonnikom. Po śmierci Oleśnickiego budową nowego kościoła kierował Jan Długosz, fundatorem zaś był Hińcza z Rogowa kasztelan sandomierski.

W latach 1645-1647 przebudowano całkowicie gotycki korpus kościoła. Podczas potopu szwedzkiego został on doszczętnie zrujnowany.

Obecna wczesnobarokowa świątynia została wzniesiona w latach 1659-1680. Jest to budowla trójnawowa, bazylikowa z transeptem i kopułą pogrążoną w dachu kościelnym, o czym zapewne zdecydowały względy strategiczne. Ewentualny ostrzał prowadzony z dział wzgórza wawelskiego mógłby naruszyć i zrujnować konstrukcję kopuły kościelnej, gdyby ta znacząco wyróżniała się ponad dachem świątyni.

Źródło: Autorzy: Licencja: [ CC-BY-SA 3.0]