W okresie reformacji kościół w Nowogrodzie został zamieniony na zbór kalwiński. Prawdopodobnie, kiedy kościół powrócił ponownie do użytkowania przez katolików, został spalony przez innowierców. Wobec powyższego wydarzenia w 1598 roku Piotr Czerny z Witowic, właściciel Zawieprzyc, postanowił zbudować nowy drewniany kościół w Kijanach.8 stycznia 1599 roku kardynał Jerzy Radziwiłł aktem erekcyjnym powołał nową parafię pod wezwaniem świętej Anny w Kijanach.Około połowy XVII wieku przy kościele wybudowano dwie murowane kaplice. Kolejnym ważnym wydarzeniem w dziejach kościoła w Kijanach jest rok 1683, kiedy to Atanazy herbu de Suchekomnaty Miączyński, wojewoda wołyński i właściciel Zawieprzyc, udając się u boku króla Jana III Sobieskiego na odsiecz wiedeńską, złożył śluby przed obrazem Matki Bożej w Kijanach, że jeżeli szczęśliwie powróci z wyprawy, to w miejsce drewnianego kościoła, wybuduje nowy, murowany. Tak też się stało. Wkrótce budowa została rozpoczęta i trwała przez 37 lat. Kościół został ukończony w 1723 roku. Konsekracji kościoła dokonał sufragan krakowski ks. bp Michał Kunicki 12 października 1745 roku.
W roku 1911 staraniem księdza Ignacego Jaworowskiego kościół został rozbudowany na planie krzyża w stylu barokowym. Dwukrotnie wydłużono główną nawę i zakończono ją na frontonie wysoką - stylową wieżą. Obok kościoła ks. Jaworowski wybudował także stylową dzwonnicę w kształcie łuku triumfalnego, w której umieszczono 2 dzwony (jeden konsekrowany przez bp. Piotra Kałwę w 1952 roku, a drugi przez ks. W. Szczepanika w 1962 roku).
W roku 1926 kościół był restaurowany. Zniszczony w czasie II wojny światowej (w 1939 roku spalony dach i wieża kościelna), został po wojnie ponownie odrestaurowany. Prace zakończono w 1958 roku.
Od 1988 roku dalej przeprowadzane są gruntowne prace konserwatorskie nad przywróceniem dawnej świetności ołtarzom i kościołowi przez ks. proboszcza Lucjana Marcinkowskiego.
Dawny cmentarz przykościelny jest otoczony murem pochodzącym z XVIII wieku.