Pierwotny drewniany kościół powstał w latach 1325-1327, a kolejny murowany został wzniesiony w 1662 r. z fundacji Michała Zebrzydowskiego. Obecny, gruntownie przebudowany w latach 1902-1908, został uroczyście poświęcony (konsekrowany) przez biskupa kieleckiego Augustyna Łosińskiego. Decyzją biskupa sosnowieckiego Adama Śmigielskiego SDB 23 września 2003 r. kościół podniesiony został do rangi sanktuarium. Obiektem szczególnego kultu jest wizerunek Cierpiącego Chrystusa Miłosiernego. Z jego historią związana jest legenda (przekazana w Trylogii Henryka Sienkiewicza) o rycerzu z dworu królewskiego z Sieniczna, który, biorąc udział w walce z Kozakami na Kresach, wszedł do płonącego kościoła i zauważył tam wizerunek Zbawiciela. Oczarowany wyrazem jego oczu rozbił szybę i wyciął szablą obraz. Opasał się płótnem i tak odbył całą kampanię wojenną. Gdy jego towarzysze broni polegli, swoje ocalenie przypisał cudownemu wizerunkowi. W dowód wdzięczności umieścił obraz w kaplicy w rodzinnej w Sienicznie. Kiedy sława obrazu wzrosła w okolicy, na polecenie biskupa krakowskiego, malowidło w uroczystej procesji przeniesiono do kościoła parafialnego w Przegini. We wnętrzu na uwagę zasługuje m.in. neogotyckie wyposażenie oraz otoczony kultem wizerunek Cierpiącego Chrystusa Miłosiernego z XVI w.