Początki błońskiej fary toną w pomroce dziejów. Jej rodowód sięga XIII stulecia a ks. prof. Józef Nowacki, wybitny znawca dziejów diecezji poznańskiej, w granicach której leżały te ziemie, przesuwa początki kościoła parafialnego w Błoniu na wiek XII. Z całą pewnością w XIII w. Błonie odgrywało znaczącą rolę na mapie Mazowsza w dobie rozbicia Polski na dzielnice w czasach piastowskich. Z tego okresu pochodzą najstarsze daty w historii kościoła. W roku 1257 biskup poznański Boguchwał III upoważnił biskupa płockiego do konsekracji dwóch ołtarzy w kościele błońskim. Świątynia musiała zatem powstać przed tym rokiem, a przynajmniej znajdować się w trakcie budowy. Kolejna data to rok 1288. Wówczas to z inicjatywy księcia Konrada II Mazowieckiego, budowę kościoła zakończono, bądź dokonano jego przebudowy. Zapewne w tym okresie, jak sugeruje ks. prof. Józef Nowacki, świątynię oddano pod opiekę zakonnikom ze zgromadzenia kanoników regularnych z Czerwińska. Z XIII wieku pochodzi zachowany po dziś dzień układ architektoniczny kościoła. Świątynia zawiera liczne elementy romańskie i wczesnogotyckie. Romański jest kształt tzw. bazylikowy świątyni (nawa główna wyższa i szersza od naw bocznych). Budowla jest orientowana czyli ukierunkowana na wschód. Charakterystyczne dla wieków średnich jest oszkarpowanie kościoła czyli wzmocnienie konstrukcji za pomocą przyległych do zewnętrznych ścian elementów architektonicznych. Gotyckie są sklepienia krzyżowo-żebrowe w nawach bocznych oraz w pierwszym i czwartym przęśle (kwaterze) nawy głównej. Sklepienia przęseł drugiego i trzeciego nawy środkowej są owocem niewielkiej przebudowy kościoła w XVII w. kiedy to świątynię zbarokizowano. Z tego okresu pochodzi także fasada (ściana frontowa) budowli a także przeciwległa ściana zewnętrzna zamykająca prezbiterium od strony wschodniej. Prezentując architekturę błońskiej fary nie sposób nie zwrócić uwagi na przedstawiające wyjątkową wartość późnogotyckie sklepienie kryształowe z 1 poł. XVI w. zdobiące krótkie, jednoprzęsłowe prezbiterium. Podobne sklepienie znajduje się w starej zakrystii, znajdującej się po przeciwległej stronie zakrystii używanej obecnie.