Pierwotna, drewniana budowla spłonęła ok. 1598 r. i zastąpiono ją murowaną, którą zaczęto wznosić ok. 1601 r. i ukończono ok. 1630 roku. Z odkrytego fragmentu inskrypcji umieszczonej na ścianie przy prezbiterium wiadomo dokładnie, że świątynia została konsekrowana w 1618 r., a uroczystość poświęcenia obchodzono w pierwszą niedzielę po św. Marcinie.Kościół w Szczaworyżu to orientowana, jednonawowa budowla z wzniesionym na planie kwadratu prezbiterium (dziś w kształcie trapezu), dwoma kaplicami na rzutach prostokątów, zakrystią oraz kruchtą znajdującą się w przyziemiu wieży. Kościół był wielokrotnie przebudowywany, m.in. ok. 1633 r. przez plebana Stanisława Rapecjusa. W 1726 i 1782 r. dobudowano kaplice boczne. W 1830 r. przebudowano wieżę kościoła. Kolejne, znaczne prace remontowe przy świątyni miały miejsce na przełomie 1994/1995 r. i dotyczyły remontu wieży. Podjęte zostały staraniem ks. Stanisława Kondraka.

W wyniku przebudowy wnętrza nadano świątyni cechy tzw. renesansu lubelskiego (typu lubelskiego). Przykładem tego jest trójprzęsłowa nawa główna przekryta kolebkowym sklepieniem z lunetami, nawiązująca do klasycznych północnowłoskich rozwiązań przestrzennych budowli z charakterystycznym zastosowaniem licznych detali architektonicznych, głównie listwowych dekoracji sztukatorskich. W środkowym polu sklepienia znajduje się chrystogram IHS w ozdobnym kartuszu wskazujący na Jezusa zbawiciela ludzi (IHS – Iesus Hominum Salvator).

Połączona z nawą kruchta przekryta jest, podobnie jak nawa główna, sklepieniem kolebkowym z lunetami oraz ozdobiona skromną dekoracją ramowo-listwową. Najstarsze relikty budowli to gotyckie szkarpy, znajdujące się w murach prezbiterium. Zachowały się również wsporniki w narożnikach, stanowiące fragmenty pierwotnie znajdujących się tu gotyckich sklepień.

Prezbiterium wzniesione pierwotnie na planie kwadratu uległo przekształceniom. Nakryte jest kopułą na pendentywach, nieco odkształconą u podstawy i przypominającą elipsę. Wieńczy ją późnorenesansowa latarnia, opięta hermami wolutowymi, dźwigającymi kamienną kopułkę.

Okazała wielokondygnacyjna wieża kościoła usytuowana na zachodnim przedłużeniu korpusu nawowego stanowi w parterze główne wejście do świątyni. Na piętrze zlokalizowano chór muzyczny. Wieża nakryta jest dachem namiotowym, złożonym z trójkątnych połaci zbiegających się w jednym punkcie i zwieńczona ośmiobocznym hełmem przeprutym arkadami z latarnią, iglicą i krzyżem. We wnętrzu umieszczone są trzy dzwony. Największy o imieniu Maryja ufundowany został w 1968 r. na pamiątkę rozpoczynającego się Millenium, staraniem proboszcza ks. Wacława Ptaszyńskiego i wikariusza ks. Kazimierza Borka. Średni nosi imię Jakub. Inskrypcja umieszczona na nim głosi: św. Jakubie Apostole – patronie naszej parafii, opiekuj się nami! Najmniejszy ma imię Paweł. Okna wieży osadzone są w późnorenesansowych, ciosowych obramieniach z nadokiennymi gzymsami.

Nad korpusem nawowym rozpięty jest dwuspadowy dach z umieszczoną na wschodnim szczycie barokową kamienną rzeźbą przedstawiającą NMP Niepokalanie Poczętą.

Przy świątyni dawna stara plebania, z nadbudowanym w 1904 r. piętrem, pierwotnie w przyziemi mieściła kostnicę, a w górnej kondygnacji kaplicę Niepokalanego Poczęcia NMP. Obecnie służy jako ołtarz polowy wykorzystywany podczas uroczystości liturgicznych.