Nowy (na tamte czasy) dworzec kolejowy w Malborku powstał w latach 1889-1890. Jest to budowla wzniesiono w stylu neogotyckim. Przed dworcem utworzono plac manewrowy zagospodarowany w XX wieku, skąd odjeżdżały dorożki i automobile w kierunku miasta natomiast w okresie międzywojennym autobusy do Wolnego Miasta Gdańska. W 1893 roku zainstalowano na dworcu oświetlenie elektryczne. Był to pierwszy budynek zelektryfikowany w mieście bowiem prąd z elektrowni wodnej na Nogacie popłynął do innych regionów miasta dopiero po 1909 roku. Budynek dworca przetrwał I i II wojnę światową i pomimo podłożenia ognia przez wojska radzieckie tuż po przekazaniu władzom polskim stoi do dzisiaj w niezmienionym kształcie.

Budynek dworca, budynek ekspedycji towarowej i szalet są wpisane do rejestru zabytków.