Jest to najstarszy i najbardziej charakterystyczny budynek w Helu (dawniej: Neue Hela)

Pierwsza wzmianka o tym kościele pochodzi z 1417 roku, kiedy pełnił on funkcję katolickiego kościoła parafialnego w Nowym Helu. W 1525 roku został przekształcony w świątynię protestancką pod wezwaniem św. Piotra i Pawła. W 1861 roku sztormy podmyły część frontową budynku, która wraz ze starą barokową wieżą osunęła się do morza. W 1864 r rozebrano pozostałości starej wieży i postawiono nową. W 1918 roku usunięto z niej iglicę, a w 1920 przeprowadzono remont kościoła, w czasie którego starą wieżę całkowicie usunięto. Nową - drewnianą, o innym kształcie - posadowiono nad wejściem. Istniejącą do 1939 r. wieżę rozebrano w czasie obrony Helu w 1939 r. a belki wykorzystano do wzmacniania schronów budowanych przez żołnierzy .

W czasie obrony Helu budynek pełnił funkcję magazynu żywności dla wojska.

Po wojnie budynek przejęło państwo zgodnie z decyzją tzw. "Komisji regulacyjnej" składającej sie z przedstawicieli Kościoła protestanckiego i rządu.

W 1959 roku budynek odrestaurowano i zorganizowano cieszącą się dużym zainteresowaniem wystawę o tematyce rybackiej. Stało się to inspiracją dla powstania tam stałej ekspozycji muzealnej. 

W 1972 roku budynek kościoła przekazano Centralnemu Muzeum Morskiemu w Gdańsku (od 10 grudnia 2013 r. - Narodowe Muzeum Morskie), które rozwija Muzeum Rybołówstwa jako swój oddział.