Kościół zbudowany został prawdopodobnie w 1. połowie XVI w. Przed 1644 r. rozbudowany. Znajdował się wówczas we wsi Komorowice i nosił wezwanie św. Jana Chrzciciela. Kilkakrotnie odnawiany, prawdopodobnie przez pewien czas służył jako zbór protestancki. W pod koniec lat 40. XX w. został przeniesiony do Woli Justowskiej z przeznaczeniem na element zakładanego wówczas skansenu (którego ostatecznie jednak nie zrealizowano), w 1951 r. został też kościołem parafialnym (w Komorowicach przed drugą wojną światową zbudowano większy kościół, murowany).



Był to drewniany kościół konstrukcji zrębowej, z wieżą (której hełm ozdobiony był czterema mniejszymi wieżyczkami) nad wejściem do kościoła i sygnaturką na dachu. Posiadał prostokątną nawę i wyodrębnione prezbiterium, zamknięte trzeba ścianami ośmioboku, do kościoła przylegała zakrystia i dwie kruchty, a całą świątynię otaczały soboty. W nawie, od zachodniej strony, wznosił się wsparty na dwóch słupach chór muzyczny, na belce tęczowej znajdował się krucyfiks z XVI w. W kościele tym nakręcono ostatnią scenę filmu "Potop" w reżyserii Jerzego Hoffmana.



Kościół spłonął w nocy z 13 na 14 lipca 1978 r. Wkrótce podjęto jego odbudowę (został na nowo konsekrowany w 1984 r.) pod kierunkiem Janusza Gawora. Odtworzono wiernie drewnianą konstrukcję starego kościoła z Komorowic, posadowiono ją jednak na murowanej krypcie, w której umieszczono rzeźby Bronisława Chromego. Ta budowla z kolei spłonęła w nocy z 5 na 6 kwietnia 2002 r., ocalała z pożaru jedynie murowana krypta. Najbardziej prawdopodobną przyczyną było podpalenie.



Od tego czasu trwają starania związane z odbudową kościoła. W 2009 r. przedstawiony został projekt budowy na miejscu spalonego kościoła większego obiektu murowanego. Decyzja ta wzbudziła jednak duże kontrowersje wśród mieszkańców miasta oraz w kręgach konserwatorskich.

W 2016 r. rozpoczęła się odbudowa kościoła według nowego projektu. Nowy projekt przewidywał budowę murowanego przyziemia, przekrytego emporą jako chóru nad nawą główną oraz budowę na poziomie chóru obiektu odtwarzającego bryłę spalonego kościoła.

Kościół został oddany do użytkowania w maju 2020 r.