Seminarium duchowne zostało otwarte w 1875 z inicjatywy arcybiskupa chełmskiego i warszawskiego Leoncjusza. Jego powstanie miało miejsce w roku ostatecznej kasaty ostatniej unickiej administratury w Imperium Rosyjskim – diecezji chełmskiej i wpisywało się w antyunickie i rusyfikacyjne działania arcybiskupa na ziemiach zaboru rosyjskiego. Szkoła zajęła obiekty po seminarium unickim[2]. Już w roku następnym seminarium ukończył pierwszy rocznik absolwentów w liczbie 28 osób. Za prawidłowe funkcjonowanie placówki odpowiedzialny był biskup lubelski, wikariusz eparchii chełmsko-warszawskiej.
Już siedem lat po otwarciu szkoły arcybiskup Leoncjusz zdecydował o wzniesieniu nowej siedziby seminarium. Grunt pod budowę (działka o powierzchni 6,5 ha) wykupiono w 1882 od mieszczan Kiwińskiego i Skibińskiego oraz rodziny Czaplińców[5]. Prace budowlane zakończono we wrześniu 1890. W seminarium mieszkało i kształciło się 300 alumnów, którzy mieli następnie działać na terytorium ziemi chełmskiej i uczestniczyć w umacnianiu prawosławia w regionie, co było zarazem elementem akcji rusyfikacyjnej prowadzonej przez carat[5]. Budynek seminarium był obiektem nowoczesnym: zainstalowano w nim kanalizację, wodę bieżącą i centralne ogrzewanie. Wychowankowie szkoły zamieszkiwali na trzecim piętrze, drugie zajmowały sale lekcyjne i biblioteka, pierwsze zaś aula i gabinet rektora. W tylnej części obiektu zlokalizowano kaplicę św. Leoncjusza.
Kształcenie w chełmskim seminarium trwało sześć lat. Do 1882 w kadrze pedagogicznej szkoły dominowali duchowni przybyli przed 1875 z Galicji, byli unici, którzy przyjęli prawosławie w czasie likwidacji diecezji chełmskiej. Następnie do Chełma zaczęli przyjeżdżać wykładowcy narodowości rosyjskiej, którzy ostatecznie zdominowali kadrę szkoły.
Słuchacze chełmskiego seminarium pochodzili z zachodnich guberni Imperium Rosyjskiego (ziemie ukraińskie i białoruskie) i po ukończeniu szkoły z reguły podejmowali pracę duszpasterską w miejscu pochodzenia, rzadziej w eparchii chełmsko-warszawskiej, a następnie chełmskiej.
W 1914, po wybuchu I wojny światowej, w budynku seminarium rozmieszczono rosyjski szpital wojskowy. Rok później prawosławne duchowieństwo Chełma, w tym personel szkoły, opuściło miasto, udając się na bieżeństwo. Po zakończeniu działań wojennych seminarium nie wznowiło działalności[5]. Kontynuatorem prac szkoły było po I wojnie światowej seminarium prawosławne w Krzemieńcu.
Prawosławne seminarium duchowne zostało na nowo otwarte w Chełmie w 1943, dzięki staraniom arcybiskupa chełmskiego i podlaskiego Hilariona (Ohijenki) i przy wsparciu niemieckich władz okupacyjnych. Działało do 1944, przyjmując wyłącznie kandydatów narodowości ukraińskiej. Za wiki