Franciszkanie przybyli do Gdyni w 1935 r. Od początku ich obecność skoncentrowana była w miejscu, które wówczas nosiło nazwę Wzgórza Focha. Po II wojnie nazwano je Wzgórzem Nowotki, a od 1991 r. znane jest jako Wzgórze św. Maksymiliana. Kanoniczne erygowanie klasztoru miało miejsce już rok po objęciu obecności, 11 stycznia 1936 r. Rok później ukończono pierwszy etap budowy klasztoru a także kaplicy pw. św. Antoniego z Padwy, która stanowiła pierwsze miejsce posługi zakonników. Warto odnotować, że w uroczystości poświęcenia obiektu wziął udział ówczesny gwardian Niepokalanowa święty Maksymilian Kolbe.

Druga wojna światowa nie tylko rozproszyła pierwszą grupę franciszkanów gdyńskich, ale też zadała im bolesne ciosy. W Piaśnicy rozstrzelano w tym czasie młodego zakonnika, o. Henryka Jamroga, a w Skarżysku-Kamiennej o. Anatola Gałuchę. W obozie w Gusen zmarł br. Maciej Gruszka. W obozie przebywał także br. Korneli Kaczmarek, a w bliżej nieznanych okolicznościach zaginął br. Florian Masłowski.

Franciszkanie powrócili do Gdyni w 1945 r., podejmując na nowo opiekę nad klasztorem i kaplicą. W 1949 r. biskup chełmiński Kazimierz Józef Kowalski ustanowił przy tej kaplicy parafię, powierzając franciszkanom opiekę duszpasterską nad jej mieszkańcami. W latach 1957-1970 franciszkanie wybudowali nowy dwukondygnacyjny duży kościół. W 1973 r. biskup chełmiński Bernard Czapliński ustanowił przy nim Sanktuarium bł. Maksymiliana Kolbego, a w 2006 r. metropolita gdański arcybiskup Tadeusz Gocłowski ustanowił je Sanktuarium Archidiecezjalnym. W latach 1989-1996 franciszkański klasztor rozbudowano o dodatkowe trzykondygnacyjne skrzydło.

Projekt kościoła (Sanktuarium) wykonali i pracami kierowali: p. mgr Mieczysław Kościelniak, współwięzień św. Maksymiliana oraz p. mgr inż. arch. Włodzimierz Wajnert. Metaloplastykę wykonał p. mgr Józef Fukś z pomocą p. mgra Józefa Szczepanika. Malarstwo ścienne jest dziełem plastyka p. mgra Mieczysława Kościelniaka. Prace w szlachetnym kamieniu wykonał ze swoją ekipą budowlaną p. inż. Piotr Żarnowski.

Informacje z

Decyzją z 22.07.2016, zespół kościoła parafialnego pw. Św. Antoniego Padewskiego i klasztoru franciszkanów wraz  z działką nr 396 w obr. ew. 0030 w granicach działki wpisany został do rejestru zabytków nieruchomych województwa pomorskiego pod numerem 1933.