Obecnie istniejący kościół jest szóstą z kolei budowlą na tym miejscu. Pierwsze cztery były drewniane, fundacji rodziny Zamoyskich. Już w r. 1603 na miejscu objawień św. Marii Magdaleny wybudowano kaplicę (fundował kanclerz Jan Zamoyski), natomiast pierwszy kościół wybudowano w r. 1644; spalili go Kozacy w r. 1648. Ostatnią świątynię drewnianą wybudowano w r. 1705. Spłonęła ona od pioruna 22 VI 1794 r. Wtedy Aleksander Zamoyski polecił przebudować jedno skrzydło klasztoru (nowe sklepienie, oraz dobudowano fronton z małą wieżyczką). Tak powstała świątynia funkcjonowała do r. 1928. Już wcześniej myślano o budowie nowego kościoła, ale władze carskie nie wyrażały zgody.
Dopiero w latach 1921-1928 wybudowano kościół istniejący do dzisiaj. Projektował go arch. Jerzy Siennicki. Został konsekrowany pw. św. Marii Magdaleny przez bp. M. Fulmana (15 V 1932). Natomiast stary kościół (w klasztorze) zamieniono na salę par. W czasie działań wojennych uszkodzeniu uległa wieża i nawa główna. Remont generalny był przeprowadzony w r. 1947, a malowanie wnętrza w r. 1952. Kościół był również odnawiany w okresie późniejszy (1973).
Budynek murowany, trzynawowy. Monumentalna budowla w duchu eklektycznym nawiązuje w bryle i w detalu architektonicznym do renesansowo-barokowych form architektury polskiej. Obok prezbiterium jest zakrystia, ;i na frontonie wieża, sufit prezbiterium i nawy głównej bogato zdobiony stiukami, sufit w nawach bocznych gładki, posadzka z terakoty, ołtarz główny murowany z drewnianą nadstawą. W ołtarzu tym jest zabytkowy obraz św. Marii Magdaleny (zapewne w. XVII) i drugi - MB Różańcowej (z lat 1934-1940). Kościół ma 2 drewniane ołtarze boczne: po stronie prawej - MB, a po lewej - św. Antoniego Padewskiego. W ołtarzach bocznych są zabytkowe obrazy: św. Antoniego Padewskiego (w. XVII/XVIII), N.M.P. Niepokalanie Poczętej (XVIII w.), MB Kodeńskiej (XVIII w.), św. Mikołaja (XVIII w.), św. Franciszka (XVIII w.), św. Floriana (XVIII w.) i ludową rzeźbę Chrystusa Frasobliwego z r. 1836. Ławki i konfesjonały dębowe, zabytkowa chrzcielnica (XVIII w.), odnawiana w r, 1969, na chórze muzycznym organy 19-głosowe z r. 1931 (Jagodziński). Na wieży kościelnej umieszczono w r. 1973 3 dzwony (jeden konsekrowany w r. 1955, a dwa w r. 1967).
Dawna dzwonnica (II połowa w. XVIII) stoi obecnie poza cmentarzem kościelnym, przy ul. Tarnogrodzkiej. Za