W latach 60. w związku z postępującym rozwojem górnictwa i urbanizacją terenu, podjęto starania o utworzenie kolejnej parafii w Lędzinach poprzez oderwanie kościółka św. Anny od przynależności do parafii św. Klemensa. Władze komunistyczne skutecznie blokowały jednak tego typu przedsięwzięcia, toteż podział parafii następował stopniowo. Dekretem Kurii Biskupiej w Katowicach z dnia 15 sierpnia 1978 powołano stację duszpasterską przy kościele św. Klemensa na Górce. We wrześniu 1979 roku zaprowadzono nowe księgi parafialne dla kościoła św. Klemensa, dotychczasowe wspólne księgi pozostawiając przy kościele św. Anny. 31 sierpnia 1981 na mocy dekretu bpa Herberta Bednorza dokonano podziału parafii Lędziny na dwie odrębne parafie. Funkcję kościoła parafialnego pierwotnej parafii lędzińskiej przyjął kościół św. Klemensa, natomiast z dniem 13 września 1981 erygowano parafię św. Anny. Pierwotnie parafia obejmowała obszar niemalże całych obecnych Lędzin. W 1996 roku z wschodniej części terenu parafii św. Anny wydzielono parafię Matki Bożej Różańcowej, na rzecz której także w 2004 roku oderwano kolejne obszary. Obecnie parafia liczy 3400 wiernych głównie z dzielnicy Zamoście.

Pierwsza wzmianka o istnieniu drewnianej kaplicy przy probostwie w Lędzinach pochodzi z protokołu wizytacji kanonicznej z 1598 roku. Powstanie jej należy wiązać zapewne z rozwojem kultu św. Anny, który na Śląsku miał miejsce XVI wieku i zaowocował budową licznych obiektów sakralnych pod tym wezwaniem. W pierwszym okresie uposażenie tej kaplicy stanowiła jedynie chrzcielnica, krzyż i kamienny ołtarz. W XVII wieku kaplicę rozbudowano, tworząc niewielki drewniany kościół z trzema ołtarzami, drewnianą wieżą oraz krużgankami. W tej postaci, z niewielkimi zmianami kościółek zachował się do maja 1923 roku, kiedy to spłonął od uderzenia pioruna. W 1945 roku ówczesny proboszcz, Jan Klyczka rozpoczął starania o budowę tymczasowego kościoła, przystosowując do tego celu poniemiecki barak ofiarowany przez starostwo pszczyńskie. Konsekracji tego kościoła dokonał bp Stanisław Adamski 14 października 1945.

Po erygowaniu parafii św. Anny, powstała potrzeba zastąpienia tymczasowego kościoła barakowego nowym kościołem. Zgodę na budowę parafia otrzymała 25 marca 1984, a rok później, 8 września rozpoczęto prace budowlane. Architektami kościoła zostali mgr inż. Józef Kuklok-Opolski oraz mgr inż. Leszek Witański, a kierownictwo budowy objął mgr inż. Jerzy Manjura. Kamień węgielny pod budowę kościoła - kawałek skały wyciętej z grobu św. Piotra - poświęcił w 1985 roku Jan Paweł II, zaś uroczystego aktu wmurowania kamienia dokonał 25 lipca 1992 budowniczy kościoła, ks. proboszcz Henryk Głuch. Kościół uroczyście konsekrował 20 października 1992 arcybiskup Damian Zimoń, jednak prace wykończeniowe trwały do 2002 roku. Murowany kościół jednorazowo może pomieścić 2500 osób. W ołtarzu głównym znajduje się lipowa figura św. Anny z Maryją autorstwa Zenona Kaczmarzyka.