Plac św. Marii Magdaleny był centrum najstarszej osady pod wzgórzem wawelskim zwanej Okołem. Duże zmiany w tej przestrzeni miejskiej przyniósł rok 1401, kiedy król Władysław Jagiełło włączył osadę w obszar Krakowa. Jeszcze w połowie XIV wieku zlikwidowano tutejsze sukiennice dzieląc ich obszar na dwie działki. Na ich miejscu swe kamienice wznieśli mieszczanie Sędziwój z Szubina i Mikołaj z Irządza. Ci z kolei odsprzedali je królowi, który z funduszy testamentowych po swej pierwszej małżonce wzniósł tu budynek odnowionej Akademii Krakowskiej, gdzie mieściły się: oratoria, lektoria, biblioteka prawnicza i mieszkania profesorskie. Kościół stracił na znaczeniu, a biskup krakowski Piotr Wysz przeznaczył go pod opiekę Akademii.