Ulica Bonifraterska jest dawnym fragmentem drogi wiodącej do dawnej Szosy Marymonckiej (obecnie ul. Marymoncka) i pojawia się na planach już w wieku XVIII. Początkowo uregulowana tylko na odcinku od ul. Franciszkańskiej do ul. Konwiktorskiej przy zabudowaniach Bonifratrów.

Najdawniejszymi zabudowaniami w ciągu ulicy Bonifraterskiej były dwór architekta Józefa Fontany, oraz projektowany przez niego, wraz z Antoniem Solarim zespół klasztoru i kościoła Św.Jana Bożego, należących do ojców Bonifratrów. Prowadzili oni również zlokalizowany tutaj przytułek dla obłąkanych, w gmachu wzniesionym w roku 1757 u zbiegu z Konwiktorską, również według projektu Józefa Fontany.

Po roku 1770 przy ulicy pojawiły się domy mieszkalne, dworki i kamieniczki. Jeden z nich należał do architekta Bonawentury Solariego, który projektował wiele wznoszonych w okolicy obiektów. Prawdziwą rewolucją dla okolic ulicy Bonifraterskiej była budowa Cytadeli Warszawskiej i Fortu Aleksieja w latach 1849-1851; na Bonifraterskiej wyburzono całą zabudowę za linią ul. Konwiktorskiej, znikły też dawne przecznice. Rozwijała się za to zabudowa południowego odcinka ulicy; w latach siedemdziesiątych XIX wieku wystawiono na nim kilka czynszowych kamienic o elewacjach zazwyczaj zdobionych tandetną, gipsową sztukaterią.

Gdy w roku 1930 przy ul. Konwiktorskiej wybudowano Stadion Polonii Warszawa; od strony ul. Bonifraterskiej wzniesiono trybuny z bocznym wejściem na stadion. Zostały one zniszczone w roku 1944 i w okresie powojennym odbudowane w zmienionym, socrealistycznym kształcie. Krótko przed wybuchem II wojny światowej,w roku 1936, Bonifraterska została wydłużona do ul. Świętojerskiej poprzez przebicie przejazdu w oficynie Pałacu Krasińskich. Uzyskano w ten sposób dogodne połączenie centrum miasta z peryferyjnym wówczas Żoliborzem, jednak przy okazji jednoczesnego poszerzania ulicy wyburzono kilka kamienic stojących w jej nieparzystej pierzei. 27 listopada 1937 oddano do użytku wiadukt łączący ul. Bonifraterską z Żoliborzem; dzięki niemu wycofano ruch tramwajowy spod wiaduktu nad ul. Krajewskiego. Po roku 1942 zachodni odcinek ulicy stanowił granicę zmniejszonego getta, znanego jako "Rest - Getto" i w dniach powstania Mordechaja Anielewicza uległ całkowitemu zniszczeniu. Ucierpiały niemal wszystkie budynki przy ulicy, jednak po wyzwoleniu postanowiono, że odbudowane zostaną jedynie Stadion Polonii Warszawa i Kościół Jana Bożego. Przylegający do kościoła klasztor został zniszczony w roku 1966 wraz z ruinami szpitala dla obłąkanych, jednak dość szybko zrekonstruowany.

Po roku 2000 przejazd ulicą został zamknięty pomiędzy stadionem Polonii a ul. Słomińskiego w wyniku zapadających się podziemnych chodników Fortu Aleksieja, ciągnących się pod jezdnią ulicy w jej końcowym biegu. Odbudowany w okresie powojennym wiadukt w listopadzie 2008 został zamknięty dla komunikacji miejskiej z powodu zagrożenia katastrofą budowlaną.

Wikipedia