Od czasów przyjęcia chrztu przez Mieszka I, i jego podwładnych wzgórza takie jak Skałka zostają zamienione po kulcie pogańskim na miejsca poświęcone Bogu. Bardzo często, co można zauważyć w całej Polsce w miejscach tych budowano Kościoły, bądź też rotundy dedykując je Najświętszej Pannie Maryi lub św. Michałowi Archaniołowi. Czego dowodem i przykładem jest wybudowanie romańskiej rotundy na wzgórzu skałecznym. W tym to właśnie kościele Stanisław ginie pod ciosem miecza, który według notatek Wincentego Kadłubka trzymał sam król Bolesław.

Do kiedy świątynia ta stała nie wiemy dokładnie. Kolejnym na tym miejscu był gotycki kościół, ten jednak jak czytamy w długoszowych notatkach z 1441 roku podupadł, choć w wieku XV, a zwłaszcza w jego II połowie notowano napływ pątników, którzy przybywali do miejsca męczeństwa biskupa ze Szczepanowa. Sam Jan Długosz kanonik i wychowawca synów królewskich także ubolewał nad zaniedbaniem skałecznej świątyni, choć sam zaliczał siebie do czcicieli św. Stanisława. W „Liber bebeficiorum” tak pisze o swej fundacji i zmartwieniach wywołanych fatalnym stanem kościoła św. Michała Archanioła: „Nie mógł Jan Długosz starszy, kanonik krakowski, na to bez przykrości patrzeć, iż miejsce tak znamienite, krwią świętą i zdumiewającemi przez tyle wieków cudami św. Stanisława wsławione, do tyła zaniedbywano, że tam zaledwie w niedziele, piątek i sobotę nabożeństwo się odprawiało. Przez kilka lat, więc mimo doznawanych trudności, wszelkich dokładał on starań i zabiegów, iżby tutejszy kościół parafialny, będący dotąd w ręku duchowieństwa świeckiego przemieniony został na zakonny i oddany zakonnikom”.
Od tego, więc czasu zaczyna się historia klasztoru skałecznego, gdzie ze wzgórza częstochowskiego zostali sprowadzeni „zakonnicy św. Pawła Pustelnika, wiodący żywot bogomyślny i czynny, którzy by tu służbę bożą dniem i nocą pilnie sprawowali”.


Fundacja klasztoru, była ważna dla Jana Długosza,iż pośrednictwo w niej objął sam Król Kazimierz Jagiellończyk, dzięki prośbom wniesionym do króla przez Długosza. W dniu 25 marca 1471 roku, biskup Jan Rzeszowski wyraził zgodę na oddanie kościoła na Skałce Paulinom. „Po wynagrodzeniu plebana tegoż kościoła (…) ufundował klasztor braci pustelniczych św. Pawła”. Taki zapisekodnajdujemy w notatkach długoszowych pod datą 22 czerwca 1472 roku.
O samej budowli klasztornej niewiele mamy przekazów. Nie zachowały się żadne graficzne obrazy przedstawiające budynek klasztorny, brak również rycin pozwalających na obejrzenie tej ze fundacji. Można przypuszczać, iż był usytuowany przy kościele, co jest charakterystyczne dla zabudowań klasztornych. Wiemy jednak, że wejście do klasztoru znajdowało się od strony Wisły, co jest także zrozumiałe, gdyż od tej samej strony było wejście do kościoła. Źródła historyczne podają skąpe informacje, mógł to być dwupiętrowy gmach z płaskim dachem.
Nowo fundowany klasztor nazwano „monasterium sancti Stanislai de Ruppella, monasterium B. Stanislai In Rupella”. Klasztor w obecnym wyglądzie jest budowlą barokową wystawioną w drugiej połowie XVII wieku. Ogromny dwupiętrowy zworobok zabudowania wieńczą w rogach ośmioboczne alkierzowane baszty. Daje to bardzo piękny obraz harmonii i piękna. Wraz z kościołem przyległym kościołem stanowią te dwa elementy typową dla atmosfery późnego baroku całość. Inne elementy, jakie znajdujemy w pobliżu a więc: Sadzawka, posąg czy brama główna są jednym z bardzo pięknych i efektownych zespołów architektonicznych w Krakowie. Do wejścia w mury klasztoru, oraz cichej zadumy zaprasza piękny portal, który wieńczy herb Zakonu Paulińskiego (palma, kruk z bochenkiem chleba, dwa lwy) symbolizują samotność i kontemplację Boga „sam na sam”. Przenoszą nas także na pustynię tebańską gdzie żył św. Paweł Pustelnik. Wnętrze klasztoru, choć nieosiągalne, bo zamknięte klauzurą wypełnia cisza wieków wyznaczonych przez pokolenia białych mnichów paulińskich. Zawiera też ono zbiory dzieł malarskich, które tworzą galerię obrazów a wśród nich „Ucieczka do Egiptu” autorstwa Hansa Sueska z Kulmbachu datowanego powstaniem na ok. 1511 rok, jest także inne dzieło renesansowe to wizerunek Maryi z Dzieciątkiem. Klasztor skałeczny to także jeden z dwóch domów posiadających dobrze zachowane archiwum, które swe początki ma już w akcie fundacji.Zawiera ono wiele bezcennych dokumentów, ksiąg, inkunabułów. Warto zaznaczyć też, że klasztor skałeczny był jednym z dwóch obok Jasnej Góry, jakie pozostały na ziemiach polskich podczas zaborów,aż do 1918 roku, kiedy zakon pauliński zaczął się stopniowo i powoli rozwijać i odradzać.

źródło :