Wiadukt kolejowy (nowy) powstał po rozbiórce istniejącego w tym miejscu swojego poprzednika, który funkcjonował jako część linii kolejowej łączącej Kraków z Lwowem. Początkowo był mostem nad starorzeczem Wisły.

Nowo powstała konstrukcja została odtworzona na podstawie istniejących starych planów z zachowaniem ścian i sklepienia, które  wykonano z oryginalnego kamienia i cegieł, odzyskanych z poprzedniego XIX-wiecznego obiektu.

W 2017 PLK przystąpiły do modernizacji krakowskiej linii średnicowej, której wiadukt jest ważnym elementem, co zaskutkowało koniecznością odrestaurowania wiaduktu. W efekcie planowanych działań najstarszy zachowany most (stary wiadukt, obecnie nieistniejący) został  wykreślony z rejestru zabytków. Widniał w nim od 1989. Wpis ten uchyliła 1 września 2017 decyzja ministerialna na skutek wystąpienia z takim wnioskiem wnioskiem przez PKP PLK. do ministra kultury. Koleje umotywowały konieczność wykreślenia zabytku z rejestru „z uwagi na ważny interes państwa”.

Wcześniejsza decyzja władz konserwatorskich (z 2015)  dotyczyła zgody na poszerzenie wiaduktu, wzmocnienie konstrukcji oraz rozebranie jego okładziny i po poszerzeniu obiektu ułożenia jej na elewacji dobudowanej części. PKP PLK uznały jednak, że jedynym rozsądnym rozwiązaniem, pozwalającym na zminimalizowanie czasu realizacji projektów i obniżenie kosztów, jest demontaż wiekowego wiaduktu i późniejsze odtworzenie istniejącego wyglądu obiektu, z całkowicie nową konstrukcją nośną. Gdyby zabytek pozostał w rejestrze - koszt realizacji prac wynikających z decyzji małopolskiego konserwatora zabytków wyniósłby 80-90 mln zł. Natomiast koszt demontażu wiaduktu i późniejszego jego odbudowania - około 35-50 mln zł.

W efekcie wiadukt został przebudowywany do końca 2023, w ramach gigantycznej inwestycji realizowanej przez PKP PLK, za ponad 1 mld zł, dotyczącej prac na linii kolejowej E30 na odcinku Kraków Główny Towarowy - Rudzice wraz z dobudową torów linii aglomeracyjnej.