Od początku powstania w XV wieku Brenna należała do parafii w Grodźcu Śląskim. Parafię tą odnotowuje po raz pierwszy spis świętopietrza z 1447 roku. W okresie reformacji Grodziec był w posiadaniu rodziny Grodzieckich, z której to wywodzi się św. Melchior Grodziecki, kanonizowany 2 lipca 1995 roku, przez Jana Pawła II w Koszycach na Słowacji. W XVII wieku mieszkańcy Brennej uczęszczali do kościoła w Górkach Wielkich, który jest najstarszym kościołem na Ziemi Cieszyńskiej. Był to kościół filialny parafii grodzieckiej. Z powodu braku kapłanów, po okresie reformacji, biskupi wrocławscy posłali na Śląsk Cieszyński jezuitów, zwanych misjonarzami biskupimi. W 1717 roku pracę misyjną w Brennej rozpoczął jezuita ks. Leopold Temps, Czech z pochodzenia, kontynuował ją Józef Roller. Według inwentarza znajdującego się w Archiwum Parafialnym, pierwsza wzmianka o wybudowaniu drewnianej kaplicy w Brennej, pochodzi z 1719 roku. Na patrona wybrano św. Jana Chrzciciela. Wybór ów nie był przypadkowy, bowiem Święty ten, był patronem katedry i całej diecezji wrocławskiej, do której należał Śląsk Cieszyński i Brenna do 1925 roku. Z biegiem czasu kaplica uległa zniszczeniu, a na jej miejscu w 1762 roku Jezuici wybudowali nową. Uregulowanie stosunków kościelnych na Śląsku Cieszyńskim stworzyło możliwości dalszego rozwoju sieci parafialnej, z siecią szkolnictwa, poprzez tworzenie przy parafiach szkół trywialnych. Wykorzystywano w tym celu środki finansowe uzyskiwane z likwidacji zakonów nie prowadzących działalności charytatywnej, duszpasterskiej, czy szkolnej. Ich majątek przejmowano i przekazywano na Fundusz Religijny. Tym sposobem założono wiele nowych parafii w Austrii i na Śląsku Cieszyńskim. Parafię w Brennej utworzono w 1784 roku, a od roku 1785 prowadzone są księgi metrykalne. Początkowo parafia należała do dekanatu bielskiego. W 1804 roku weszła w skład nowo utworzonego dekanatu skoczowskiego, który z kolei należał do Wikariatu Generalnego w Cieszynie. Obecny murowany kościół wybudowano w latach 1793-1796 z Funduszu Religijnego, na gruntach Hellera i Holeksy, którzy w zamian od księcia dostali pole na Kotarzu. Prawdopodobnie pierwotnie kościół miał stanąć w innym miejscu niż obecnie. Miało to być niedaleko zbiegu rzek Brennicy i Leśnicy, na wzgórzu gdzie zaczyna się wznosić stok góry Malina. Świątynia byłaby tam zapewne bardziej widoczna i zabezpieczona przed wylewami, nieregulowanej przez długie lata Brennicy. Dlaczego zaniechano tego zamiaru? Dziś już trudno to stwierdzić. W 1785 roku do Brennej przybył pierwszy proboszcz ks. Karol Szlosarek. Zwrócił się on do władz państwowych o zezwolenie i pomoc w budowie nowego kościoła parafialnego. Dopiero za rządów cesarza Leopolda II uzyskano zgodę na budowę nowej świątyni. Realizację budowy przerwała śmierć władcy. Szczególna pomocą w budowie kościoła przypisuje się cesarzowi Franciszkowi II. Prace przy budowie rozpoczęto we wrześniu 1793 roku. W następnym roku wybudowano mury zewnętrzne, filary środkowe oraz dach. W 1795 wybudowano wieżę i zawieszono dzwony, a w 1796 kościół otynkowano i wyłożono posadzką. Budowę zakończono w sierpniu 1796 roku. Ks. Karol Szlosarek zwrócił się z prośbą o pieniądze na wyposażenie świątyni, które przeznaczył na zakup ołtarza, ławek, lamp, monstrancji. Organy i dzwony zakupiono z ofiar parafian. 21 sierpnia 1796 roku, nowo wybudowany kościół został poświęcony. Od początku funkcjonowania kościoła w Brennej, jego wystrój był i jest, niezwykle bogaty. W głównym ołtarzu znajduje się obraz przedstawiający scenę Chrztu Pana Jezusa w Jordanie, namalowany przez artystę Stanisława Jastrzębskiego z Cieszyna. Ten sam malarz wykonał Drogę Krzyżową, oraz obrazy przedstawiające: Święta Rodzinę, dookoła obrazu umieszczony jest następujący napis: Jezus Maryja Józef! Wam oddaję serce, ciało i duszę moją! Amen.