Historia pierwszego kościoła w Brzegach sięga czasów Kazimierza Jagiellończyka. W XII w. po raz pierwszy wymieniono nazwę wsi, położonej w pobliżu królewskich Chęcin. W miejscu pierwszego drewnianego kościoła z 1338 r. Kazimierz Jagiellończyk wybudował w 1448 nowy, co (jak podają dokumenty parafialne) poświadcza wzmianka o akcie erekcyjnym wydanym w Grodnie, niestety nie zachowanym w archiwum. Kościół już wtedy był pod wezwaniem św. Mikołaja. Kolejną świątynię w miejscu spalonej, ufundował w 1748 r. (czyli dokładnie trzysta lat później) miejscowy dziekan i proboszcz ks. Józef Szymon Andrzej Andracki. Wówczas kościół otrzymał wezwanie św. Szymona i Judy Apostołów.
Obecny, murowany wzniesiono w latach 1845-1862. Autorem projektu był Henryk Marconi, a do podjęcia budowy (zbierając od parafian składki i uzyskując „zasiłek rządowy”) doprowadził ksiądz Piotr Fiok. Budowę zakończono w roku 1862 – konsekracji dokonał biskup kielecki Maciej Majerczak, nadając świątyni wezwanie Niepokalanego Poczęcia NMP i św. Mikołaja. Wzniesiona z cegły i kamienia budowla miała wymiary 9 na 26 metrów. Jako wyposażenie służyły trzy ołtarze przeniesione ze starego kościoła. Nad główną facjatą wznosi się wieżyczka podobna jak w Mniszku, w diecezji sandomierskiej. Zewnętrzne ściany zdobią pilastry, uwieńczone gzymsowaniem.
W roku 1954, na skutek uderzenia pioruna, kościół spłonął. Ocalały tylko mury obwodowe. W latach 1954-61 został odbudowany dzięki energii i staraniom proboszcza, ks. Stanisława Olesia. Wystrój wnętrz wykonano według projektów Izabeli Borowskiej i Władysława Markiewicza.