W Chomentowie funkcjonują obok siebie dwa kościoły pod wezwaniem św. Marii Magdaleny.

Pierwszy (drewniany) kościół parafialny ufundowali w 1328, właściciele wsi Jakub, Mikołaj i Wszegnej, konsekrował go 8 grudnia 1331 - biskup krakowski Jan Grot. W tym samym czasie erygowana została parafia, wydzielona z probostwa w Kijach i Mokrsku. Długosz opisując świątynię przypisuje jej wezwanie św. Mateusza i św. Marii Magdaleny. W 1408 roku z parafii wydzieliła się kolejna jednostka w Łukowej. Około połowy XVI w. kościół został spustoszony przez Kiliana Łukowskiego i przeszedł w ręce ewangelików, ale nie jest pewne, czy pełnił funkcję zboru. W źródłach od 1577 do 1608 roku określono go jako sprofanowany. Katolicy odzyskali świątynię około 1610 roku. Zapewne pomiędzy 1711 a 1744 rokiem wzniesiono nowy kościół drewniany (lub całkowicie wyremontowano stary), który został konsekrowany 4 października 1744 roku przez sufragana krakowskiego Michała Kunickiego.  W 1782 roku ksiądz proboszcz Karol Drążewski nadał budowli obecny kształt: wyremontował dach i przyciesie, wzniósł sygnaturkę, wymienił szalunki na elewacjach. W 1796 roku wykonał kolejny remont i zbudował drewnianą dzwonnicę. W 1844 roku dziedzic Chomentowa i oficer w powstaniu listopadowym Jan Kanty Łempicki wzniósł nową, murowaną dzwonnicę bramną. W 1882 roku ksiądz proboszcz Jan Klimas kupił nowe organy, a ksiądz proboszcz Karol Rogalski odrestaurował wnętrze kościoła wraz z ołtarzami. Kościół remontowano w 1966 roku i w latach 1971-1973. W 2005 roku odnowiono dach i wymieniono gont.

Drugi (nowy) kościół murowany zaczęto budować ok 2009 i w 2011 ukończono budowę, a ten przejął funkcję obecnego (już nieużywanego).