Klasztor został założony w 1245 przez bł. Salomeę, córkę Leszka Białego i pierwszą polską klaryskę. Był to pierwszy klasztor tego zakonu na ziemiach polskich. Początkowo mieścił się on w Zawichoście, a przy klasztorze otworzono szpital. Pierwsze siostry przybyły z klasztoru klarysek w Pradze.

W późniejszych latach klasztor przeniósł się do podkrakowskiej Skały. W 1316 książę krakowski Władysław I Łokietek ofiarował klaryskom klasztor przy kościele św. Andrzeja Apostoła na Okole (kilkadziesiąt lat później włączonemu do Krakowa), w którym pozostają do dziś.

Po rozbiorach Polski zaborca austriacki pozbawił klasztor posiadłości ziemskich, z których dotychczas się utrzymywał. Rząd austriacki wymógł, aby siostry podjęły pracę na rzecz społeczności lub rozwiązały wspólnotę. Dlatego w 1802 zdecydowano przy klasztorze utworzyć szkołę dla dziewcząt. Obowiązki nauczyciela ograniczały jednak możliwość prowadzenia życia kontemplacyjne

W czasie II wojny światowej w klasztorze zamieszkały również dominikanki, józefitki obrządku greckokatolickiego i szarytki, które okupant niemiecki usunął ze swoich klasztorów, a także kilka rodzin. Siostry udzielały również pomocy potrzebującym.

Po nastaniu komunizmu znacjonalizowano resztki posiadłości ziemskich klasztoru oraz w 1951 nakazano zamknąć szkołę. Paradoksalnie likwidacja szkoły spowodowała, że siostry mogły wrócić do klauzury papieskiej.