Klasztor Franciszkanów wzniesiony został z inicjatywy księżnej Jadwigi; wymieniony w dokumencie księcia Bolesława legnickiego w 1258 roku. Pierwotny kościół i klasztor zniszczone zostały ok. 1427 r., następnie odbudowane ok. 1450 r. Franciszkanie w okresie reformacji opuścili miasto, budynek klasztorny został podarowany przez księcia Fryderyka II w 1540 r. protestanckiemu, humanistycznemu gimnazjum Trotzendorfa. Ok. 1700 r. Franciszkanie powrócili do Złotoryi, w 1704 r. przekazany im został kościół parafialny. Kościół wraz z klasztorem został przebudowany w latach 1708-1725 (36?). Z pierwotnej budowli zachowały się jedynie średniowieczne mury i przypory prezbiterium pochodzące z XV w.