Obecny kościół jest trzecią, na tym samym miejscu, świątynią parafialną miasta. W połowie XIII wieku powstała parafia i kościół, zapewne drewniany (są sugestie że mógł być to kościół murowany, obronny, romański), za czasów Bolesława V Wstydliwego. Pomiędzy 1306 a 1308 rokiem budynek został zniszczony przez wojska biskupa krakowskiego Jan Muskata podczas wojny domowej w Małopolsce, która toczyła się pomiędzy biskupem, strunnikiem króla Czech, a Władysławem I Łokietkiem późniejszym królem Polski. Szybko został odbudowany, gdyż wzmiankowany był w latach 1325 - 1327 w rejestrze świętopietrza, też był to kościół drewniany i nieduży. Nie wiadomo czy przetrwał pożar miasta w 1407 roku. Pewne jest że był czynny w 2 dekadzie XV wieku, gdyż z roku 1414 i 1418 są o nim wzmianki. Co się stał z tym kościołem, nie wiadomo. Nie uległ prawdopodobnie pożarowi, ale został rozebrany ze względu na zły stan techniczny i wiek (wówczas ponad 100 lat), oraz niewystarczającą pojemność. XV wiek to rozkwit gospodarczy Proszowic i mieszkańcy mogli pozwolić sobie na budowę murowanej świątyni w stylu gotyckim, o wiele większej od poprzednich. Nowy murowany kościół czynny był już w 1453 roku gdyż z tego roku pochodzi dokument rozsądzający spór pomiędzy Goworkiem dziedzicem Makocic a rajcami miejskimi, w sprawie rozmieszczenia w owej świątyni ołtarzy z kościoła dawnego. W swej treści mówi on jednoznacznie, że kościół w Proszowicach jest nowy i od murów wybudowany. Jan Długosz porównywał go z najpiękniejszymi świątyniami Krakowa. Najstarsze dokumenty wymieniają, że miał podwójny tytuł: Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny i św. Jana Chrzciciela. Kościół parafialny w Proszowicach już w tych zamierzchłych czasach należał do znaczniejszych, większych i bogatszych na ziemi krakowskiej i w diecezji krakowskiej, co zresztą ma swoje uzasadnienie w tym, że fundatorem i zarazem jego kolatorem był król polski. Kościół swoimi rozmiarami znacznie przewyższał potrzeby parafii. Szybko znaleziono dla niego godną funkcję, od końca XV wieku odbywają się w nim sejmiki ziemskie województwa krakowskiego, działały aż do rozbiorów. W czasie jednego z nich w 1595 roku doszło do rozlewu krwi w świątyni i musiała ona być na nowo konsekrowana. W 1550 roku król Zygmunt II August oddał kościół i parafię pod opiekę Akademii Krakowskiej. Od tej chwili aż do 1819 roku, proboszczami parafii byli profesorowie tej uczelni m.in. ks. Wacław z Oświęcimia, ks. Aleksander Krzysztoporski, ks. Jakub z Ujścia, (proboszczowie rzadko rezydowali w parafii, pełniąc obowiązki wobec Akademii, przebywali najczęściej w Krakowie). Na skutek rozbiorów Polski parafia weszła w skład nowo utworzonej diecezji kieleckiej, wydzielonej z dotychczasowej diecezji krakowskiej w 1805 roku. Jednak niedługo po podziale nastąpiło ponowne połączenie obydwu diecezji w diecezję kielecko-krakowską. Dopiero na przełomie 1882/1883 roku nastąpiło ostateczne rozłączenie diecezji gdyż państwa zaborcze nie godziły się by obszar diecezji nie pokrywały się z granicami państw. Kraków należał do zaboru austriackiego a Proszowice, podobnie jak Kielce do zaboru rosyjskiego. Spowodowało to oderwanie parafii proszowickiej od diecezji krakowskiej z którą była związana przez stulecia. W 1925 roku parafia, jak cała diecezja kielecka, weszła w skład metropolii krakowskiej. Za wiki.