Pierwsza wzmianka o istnieniu parafii w Lubaczowie pochodzi z 1330 r. W 1666 r. zbudowano w mieście drewnianą cerkiew pod wezwaniem św. Michała, która przetrwała do lat 80-tych XIX w. Po kasacie zakonów w 1788 do lubaczowskiej cerkwi przeniesiono cenny ikonostas z końca XVII wieku, który wcześniej miał się znajdować w monasterze w Szczepłotach koło Krakowca. W 1883 r. na jej miejscu drewnianej cerkwi zbudowano murowaną świątynię zaprojektowaną przez ukraińskiego architekta Wasyla Nahirnego. Inicjatorem budowy był ks. Michał Sembratowicz, wspomagał go ks. Cyryl Sielecki, poprzedni administrator parafii w Lubaczowie. Autorem polichromii na ścianach i sklepieniu cerkwi był przemyski malarz Antoni Jabłonowski. W 1890 r. nową cerkiew poświęcił metropolita lwowski Sylwester Sembratowicz wraz z biskupem przemyskim Julianem Pełeszem i biskupem pomocniczym Julianem Kułakowskim. 28 września 1899 r. w wyniku wielkiego pożaru w Lubaczowie kopuła cerkwi spłonęła. Świątynię odbudowano w 1900 r. Koło cerkwi znajduje się murowana dzwonnica z 1843 r., przebudowana w 1862. Na dzwonnicy znajdowały się trzy dzwony. Po 1945 r. zachował się tylko jeden, ufundowany przez parafian w latach 20-tych XX w., w chwili obecnej znajduje się przy kościele rzymskokatolickim w Płazowie. W 1938 r. parafia w Lubaczowie liczyła 2980 wiernych. Ostatnim proboszczem był ks. Anatol Kozak, którego w 1945 r. deportowano do ZSRR. Po 1947 r. parafia przestała istnieć a cerkiew przejęła parafia rzymskokatolicka. W 1979 r. cerkiew stała się świątynią drugiej w Lubaczowie parafii rzymskokatolickiej. Staraniem ks. Stanisława Skorodeckiego świątynię wyremontowano, a znajdujący się w niej zabytkowy ikonostas w 1979 r. zdemontowano i przekazano do miejscowego muzeum, skąd w 1993 r. trafił do greckokatolickiej katedry w Przemyślu.
W wyniku zmian politycznych w drugiej połowie lat 80-tych i dzięki staraniom ks. dr Bogdana Pracha z Jarosławia w lubaczowskiej świątyni zaczęto regularnie odprawiać nabożeństwa greckokatolickie. W 1994 r. na stałe udostępniono wiernym ich dawną świątynię zaś pierwszym stałym duszpasterzem został ks. Nestor Dziubak. Od 15 września 1998 r. administratorem jest ks. Jan Tarapacki. W 1999 r. ks. arcybiskup Jan Martyniak poświęcił nowy ołtarz. W 2001 r. cerkiew ponownie stała się własnością Kościoła Greckokatolickiego. Za