Synagoga została zbudowana w pierwszej połowie XVII wieku. Początkowo przypuszczano, że synagoga została wybudowana w drugiej połowie XVI wieku jako zbór kalwiński i dopiero około 1620 roku oddana wodzisławskiej gminie żydowskiej, lecz ostatnie badania nie potwierdziły tych przypuszczeń.
W latach 40. XVIII wieku synagoga została przebudowana. W ramach przebudowy m.in. zostało dobudowane sklepienie babińca. Podczas II wojny światowej hitlerowcy zdewastowali synagogę, a następnie urządzili w niej magazyn. Po zakończeniu wojny budynek synagogi przebudowano na spichlerz, zburzono wówczas ścianę dzielącą salę główną i babiniec oraz podzielono wnętrze ścianką na trzy pomieszczenia.
W 1975 roku zamierzano w synagodze otworzyć gminny ośrodek kultury i rozpoczęto w tym celu prace remontowe, które po krótkim czasie przerwano. W 1987 roku podczas wichury zerwał się dach bożnicy i od tego czasu popadała ona w ruinę. W 1996 roku podjęto próbę pozyskania funduszy na odbudowę synagogi, niestety bez powodzenia. Obecnie budynek pozostaje w stanie ruiny.
W lipcu 2007 roku Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego przekazało ponad 200 tysięcy złotych na zabezpieczenie ruin synagogi. za wiki