Pierwsza informacja o parafii w Skalniku została zapisana przez Jana Długosza ok. 1470-1480r. w "Liber beneficiorum". Dwa pierwsze kościoły były drewniane i nie zachowały się. Współczesna murowana świątynia wybudowana została w latach 1909-1911 i konsekrowana w 1912r. Zachowały się w niej dwie kwatery skrzydeł późnogotyckiego tryptyku z ok. 1530-1540r. malowane temperą na zaprawie kredowej: awersy Nawiedzenie i Pokłon Trzech Króli, rewersy Ecce Homo i św. Jakub Młodszy.

W kościele znajduje się łaskami słynący obraz Matki Bożej Bolesnej, pochodzący z XV w. Jest on ikonowym typem Hodegetrii. Maryja przedstawiona jest od linii bioder z głową pochyloną w kierunku Jezusa. Twarz Madonny jest pociągła o zatroskanym wyrazie. Początki kultu sięgają prawdopodobnie XVII i XVIII w.

Kościół ustanowiono Sanktuarium Matki Bożej Królwej Gór.