Kościół w Pozezdrzu wybudowano w 1891 roku. Nie dotknął go wieki pożar wsi w 1910 roku. Uszkodzony pociskami artylerii niemieckiej podczas bitwy 9 i 10 września 1914 roku został do reszty zniszczony 2 lutego 1915 roku. Odbudowano go w 1923 roku w nieco innej formie. W 1946 roku został przejęty przez katolików jako kościół pod wezwaniem świętego Stanisława Kostki .

Obecnie należy do dekanatu Węgorzewo, rzymskokatolickiej diecezji ełckiej.