Powstał przy ufundowanym przez księżną Annę klasztorze bernardynów, która w 1454 r. za pośrednictwem Jana Kapistrana sprowadziła do Warszawy pierwszych zakonników.[1] Do Warszawy przybyło sześciu braci pod przewodnictwem o. Jakuba z Głogowa. Budowę rozpoczęto w 1454 roku w stylu gotyckim. Ściany kościoła wybudowane zostały jako mur pruski z zastosowaniem cegły, niedługo później stanął klasztor. Biskup poznański Jędrzej z Bnina wprowadził doń zakonników 4 grudnia 1454 r.[2] Był to drugi, po krakowskim, klasztor bernardynów w Polsce. Prowincja polska zakonu powstała w 1467 a pierwszym prowincjałem był o. Maryjan z Jeziorka, zaś drugim bł. Władysław z Gielniowa. W 1507 spalił się kościół i klasztor. Ówczesny gwardian Antoni z Biecza rozpoczął odbudowę, zakończył Jan z Komorowa, ale następny pożar (1515) spowodowany umyślnym podpaleniem, zniszczył prawie całe przedmieście w tym kościół i klasztor. Głównymi fundatorami nowego kościoła byli: księżna Anna Radziwiłłówna[3], Beata z Tęczyńskich Odrowążowa i Jan Lubrański biskup poznański. Powstała trzecia nawa po lewej stronie - z funduszy księżnej Anny oraz z funduszy bp. Lubrańskiego chór z nakryciem i sklepieniem. Odbudowę zakończono w 1533 r.[2] Znaczenie kościoła i klasztoru było ówcześnie tak duże, że przedmieście Warszawy na terenie którego zbudowano kościół nazywane czerskim zaczęto nazywać suburbium bernardinorum, seu cracoviensium (przedmieście bernardyńskie, albo krakowskie), potem dopiero w związku z bramą wyjazdową do Krakowa pozostała już tylko nazwa krakowskie przedmieście.

Bullą papieską Sykstusa V z 22 października 1586 wprowadzono do kościoła arcybractwo św. Anny. Królowa Anna ufundowała w 1578 okazałą dzwonnicę ze słynnymi w owym okresie w całej Koronie dzwonami. Nadto królowa (pisownia oryginalna).

W czasie potopu szwedzkiego kościół nie został zniszczony i pomimo, że na jakiś czas zmienił się w fortecę, do czasu wyrzucenia zeń wroga przez Czarnieckiego po morderczej bitwie przed nim, to gmach święty urągał się grozie wojennej i stał jakby na straży miasta, sam jeden wpośród pustki. Ale w 1657 podczas kolejnego oblężenia Warszawy przez wojska Rakoczego, sprzymierzone ze szwedzkimi, i kiedy bliskie było zawarcie układów gwarantujących miastu i kościołom względne bezpieczeństwo.

Wielokrotnie przebudowywany (1518-1533, ok. 1620 i 1660-1667): wnętrze zostało zbarokizowane, 1750-1753 późnobarokowe polichromie wyk. Walenty Żebrowski,OFM, fasada uzyskała styl barokowo-klasycystyczny (1788), zaś dzwonnica zbudowana jest w stylu późnorenesansowym. Spalony w 1944 r.Zniszczeniu podczas wojny uległ dach, ocalały mury oraz dzwonnica. Renowacja w latach 1946-1962. Ze względu na swoje położenie w bliskim sąsiedztwie czterech spośród głównych uczelni Warszawy: Uniwersytetu Warszawskiego, Akademii Sztuk Pięknych, Uniwersytetu Muzycznego Fryderyka Chopina oraz Akademii Teatralnej, kościół tradycyjnie stanowi główny ośrodek warszawskiego duszpasterstwa akademickiego.
Źródło: Licencja: CC