Pierwszy kościół, ewangelicko-augsburski, w Olecku wzniesiono około 1560 roku wkrótce po nadaniu praw miejskich Margrabowej (tak wówczas nazywano Olecko). Kościół stał na niewielkim wzniesieniu, zwanym Wzgórzem Kościelnym. Tuż przy kościele, wewnątrz dziedzińca, znajdował się cmentarz. Kościół w Margrabowej płonął wielokrotnie. Przed najazdem Tatarów w roku 1656 spalił się całkowicie, podobnie jak miejscowy ratusz. Odbudowany, spłonął ponownie 22 sierpnia 1684 roku. Każdorazowo odbudowywano go dużym wysiłkiem tutejszej parafii ewangelickiej. Pod koniec XIX wieku Kościół poddano gruntownej renowacji, którą przeprowadzono w latach 1900/1901. W 1945 roku został całkowicie zniszczony przez wojska sowieckie.

Przez dziesiątki lat było to puste miejsce, potem zamienione na plac zabaw dla dzieci z pobliskiego przedszkola. 24 września 1981 roku rozpoczęto budowę nowej świątyni pod wezwaniem Najświętszej Marii Panny Królowej Polski na podstawie projektu architektów A. Nowakowskiego i J. Pawłowskiego. 2 października 1984 roku wmurowano kamień węgielny, a konsekrowano 8 września 1990 roku. Kościół jest pomnikiem wdzięczności Bogu i Matce Bożej Królowej Polski za ocalenie Jana Pawła II.