Schronisko wzniesione zostało w latach 1903-1904 przez niemieckie stowarzyszenie turystyczne "Beskidenverein" jako odpowiedź na plany Polaków wybudowania tu pierwszego polskiego schroniska w Beskidach. Budowane przez firmę Fritza Fuldy z Cieszyna, zostało oficjalnie otwarte 7 sierpnia 1904 r. Schronisku nadano imię arcyksiężnej Izabeli ("Erzherzogin Isabella Schutzhaus"). Początkowo schronisko było czynne tylko latem. Pierwszą gospodynią do 1908 r. była pani Hes z Wiednia. Po niej funkcję gospodarzy pełnili kolejno H. Korzinek, H. Walczysko i J. Streng. Do wzrostu popularności schroniska przyczyniały się systematycznie organizowane imprezy w stylu palenia ogni świętojańskich, a od 1913 r. zimowe festyny narciarskie. Do wybuchu I wojny światowej schronisko odwiedziło ponad 25 tys. gości. Po wytyczeniu granicy polsko-czechosłowackiej w 1920 r. schronisko, rozszabrowane w 1918 r., znalazło się po czechosłowackiej stronie Śląska Cieszyńskiego, czyli tzw. Zaolzia i zostało uruchomione ponownie przez "Beskidenverein" w 1923 r. W 1938 r. w ramach odzyskania tzw. Zaolzia schronisko znalazło się w Polsce a od 1939 r. w III Rzeszy. W 1945 r. schronisko ponownie znalazło się w Czechosłowacji. W 1948 r. zostało upaństwowione, a następnie przekazane przedsiębiorstwu "Beskidzkie Hotele i Restauracje" z Frydlantu nad Ostrawicą, które do 1953 r. przeprowadziło w nim generalny remont. Rozbudowane w I połowie lat 70. XX w., posiadało 54 miejsca noclegowe z pełną działalnością gastronomiczną. W latach 90. zostało sprywatyzowane i nosi nazwę "chata Čantoryje". Ze względu na przepisy sanitarne wyłączono działalność noclegową.
Do lat 50. XX w. obok schroniska stał w niewielkim ogrodzeniu drewniany krzyż. Upamiętniał on śmierć 12-letniego pasterza nazwiskiem Słowiok, który zamarzł na Czantorii w kwietniową noc 1913 r., poszukując w zadymce śnieżnej zaginionej owcy.