Zespół zabudowań klasztornych usytuowany był w północno-zachodniej części miasta, tuż przy murach miejskich, co z pewnością było celowym zabiegiem dla ich wzmocnienia i podniesienia skuteczności obrony. W XIV w. wzniesiono nowy gotycki kościół klasztorny o długości 35 m, a szerokości 11 m, z prezbiterium zakończonym trójbocznie i skierowanym na wschód. Obok kościoła stał klasztor, czworokątny z wirydarzem pośrodku i nadbudowaną wieżą. Świątynia posiadała trzy kaplice fundowane przez różnych świeckich dobrodziejów. Kaplicę św. Katarzyny fundował lokalny aptekarz Szymon Wolski w pierwszej połowie XVII w. Kaplica św. Bernardyna, pierwszej połowy XVII w. jest fundacji Jana Dobka Łowczowskiego i stała się wotum za jego szczęśliwy powrót z bitwy pod Chocimiem, stoczonej w 1621 roku. Jan Łowczowski piastował ponadto urząd podstolego królewskiego na dworze Zygmunta III Wazy oraz wykonywał misje dyplomatyczne w Turcji, Szwecji i Moskwie. Kaplica miała również spełnić funkcję mauzoleum Łowczowskiego, który zmarł w 1628 r. Najważniejszą jest kaplica pw. Przemienienia Pańskiego, gdzie wystawiony był dla wiernych już w XVI w. otoczony kultem obraz Zbawiciela w typie Veraicon. Sumptem starosty sądeckiego Konstantego Lubomirskiego została przebudowana w XVII w. w stylu barokowym i jest jedną z wielu kaplic w Polsce, nawiązujących swoim układem i kopułową sylwetką do Kaplicy Zygmuntowskiej na Wawelu. Miała zachować funkcję miejsca kultu dla świętego obrazu oraz stać się prywatną kaplicą grobową.

Kościół klasztorny zniszczyły dwa duże pożary w XVIII w. Ostateczny kres konwentu przypieczętowała decyzja władz austriackich o zlikwidowaniu klasztoru. Mimo tego, iż Habsburgowie byli „arcykatoliccy”, to przy okazji pragmatyczni. Na ten okres przypadła likwidacja wielu zgromadzeń klasztornych, które z jednej strony posiadały spore majątki, z drugiej były ”mało pożyteczne”. Niektóre zakony obroniły się przed likwidacją np. zakładając szkoły, ale nie udało się to nowosądeckim franciszkanom. W 1785 r. zakonnicy opuścili klasztor, a kościół wraz z dwoma kaplicami został rozebrany.