Istniał zapewne przed 1385 roku, zlokalizowany poza murami miasta - na Przedmieściu Poznańskim. Fundatorem i dobroczyńcą świątyni i przyległego do niej przytułku był zarząd miejski. Kościół w stylu gotyckim, w obecnym kształcie zbudowany w połowie XV wieku, przebudowany w latach 1615-1620. Spalony w czasie najazdu Szwedów w 1655 roku, odbudowany ponownie w roku 1698. W czasie okupacji hitlerowskiej zamknięty i splądrowany, zamieniony na magazyn wojskowy, w 1944 roku ponownie otwarty wyłącznie dla żołnierzy niemieckich.



W 1385 roku przy kościele istniał przytułek dla starców i chorych zwany szpitalikiem św. Ducha. W 1610 roku zapisano "Szpital św. Ducha stoi przy drodze do Poznania prowadzącej. Dom dla ubogich składa się z jednej izby ogrzewanej i komór: przy nim są obory, stajnie stodoły. Ubogich mieści się w nim dziesięciu. Mają własną rolę w rozkładzie ról miejskich, uprawiając ją własną czeladzią i zaprzęgiem".