Świątynia pełniła swoją rolę do pierwszych lat XVIII wieku. Później podupadła. W 1820 roku została rozebrana z polecenia władz miasta i kętrzyńscy katolicy zostali pozbawieni kościoła. Upomnieli się o niego kilkadziesiąt lat później. W 1895 roku po wygranym procesie sądowym władze Kętrzyn przydzieliły im plac pod budowę nowego kościoła. Zbudowano go zaledwie w dwa lata i w maju 1897 roku biskup Andrzej Thiel dokonał konsekracji nowej świątyni. Kościół otrzymał tytuł św. Katarzyny Aleksandryjskiej, dziewicy i męczennicy z IV w, podobnie jak jego rozebrany poprzednik. Odprawiano tu msze święte w języku polskim. Zostało to zakazane w 1942 roku. Język polski do katolickiej świątyni powrócił w 1945 roku. W listopadzie 1945 roku urzędowanie rozpoczął tu pierwszy powojenny proboszcz ks. Wacław Radziwon.

Kościół św. Katarzyny został zbudowany w stylu neogotyckim i taki charakter zachował do dziś. Z dziejowej zawieruch ocalało jego bogate wyposażenie, utrzymane w żywych, pięknych barwach. Swój obecny wygląd budynek zawdzięcza pracom remontowym ukończonym w roku 1956.