Historia parafii w Borkowicach sięga XIV w., kiedy to dziedzicem Borkowic był Mikołaj Dunin, kasztelan ciechanowski. Przekazał ziemię pod budowę pierwszego drewnianego kościoła borkowickiego, a jego spadkobierca Piotr Dunin w 1364 r. ufundował kościół pw. św. Mateusza Apostoła i św. Marcina. Świątynia ta przetrwała do czasów wojen szwedzkich.

W 1772 r. rozpoczęła się budowa nowego drewnianego kościoła z fundacji dziedzica Borkowic Jana Gibboniego. Świątynia została konsekrowana 1793 r. przez biskupa sufragana lubelskiego Jana Kantego Lenczowskiego. W kościele mieściło się 9 ołtarzy, które w większości zostały przeniesione z poprzedniego i były poświęcone św. Mikołajowi, Matce Bożej Częstochowskiej, św. Józefowi, obraz NMP namalowany na drzewie i przykryty srebrną sukienką w złote kwiaty, św. Annie, św. Antoniemu, św. Janowi Nepomucenowi oraz św. Rochowi. W ołtarzu głównym znajdowała się Figura Chrystusa na Krzyżu. W 1828 r. został rozebrany.

3 maja 1829 r. została rozpoczęta budowa nowego murowanego kościoła. Ufundowany został przez Katarzynę Małachowską i jej syna Onufrego. Został wzniesiony w 1845 r. w stylu neogotyckim według projektu Franciszka Lanciego. 20 września 1846 r. biskup sandomierski Goldtman przywiózł relikwie świętych i dokonał jego konsekracji .